Phylogenetic analysis of fowl adenoviruses

Abstract

The sequences of the L1 loop of the hexon protein from representative fowl adenovirus (FAdV) strains of the different European and American collections were determined and compared. This study highlighted the lack of consensus in the numbering of the individual serotypes between the American and the European classifications. An identification system is proposed based on restriction fragment length polymorphism of the hexonA/hexonB polymerase chain reaction product. In addition, new insights into the relationships among FAdV strains are presented and discussed on the basis of phylogenetic analysis of the L1 loops sequences. Six clusters of strains that are supported by high bootstrap values were identified. Three of them are clearly independent, forming groups A, B and C, whereas the three others are clustered in a single ‘supergroup’, denominated D. Interestingly, the Japanese strain TR22 that is presently classified as European type 5 (species B) could not be assigned to any of the aforementioned clusters and might therefore constitute the sole representative of a seventh cluster. Résumé Analyses phylogénétiques des adénovirus aviaires Les séquences de la boucle L1 de la protéine de l'hexon des souches représentatives des adénovirus aviaires (FAdV) des différentes collections européennes et américaines ont été déterminées et comparées. Cette étude met en évidence le manque de consensus dans le numérotage des sérotypes individuels des collections américaines et européennes. Le système d'identification proposé, est basé sur le polymorphisme de taille des fragments de restriction des produits de PCR de l'hexon A/hexon B. De plus, de nouveaux éclairages sur les relations entre les souches de FAdV sont présentés et discutés sur la base des analyses phylogénétiques des séquences des boucles L1. Six groupes de souches ont été identifiés en s'appuyant sur les valeurs élevées de bootstrap. Trois d'entre eux sont clairement indépendants, formant les groupes A, B et C alors que les trois autres sont regroupés dans un seul "super groupe" dénommé D. De façon intéressante, la souche japonaise TR22 qui est actuellement classée comme le type 5 européen (espèce B) ne peut être attribuée à aucun des groupes ci-dessus mentionnés et en conséquence peut constituer le seul représentant d'un septième groupe. Zusammenfassung Phylogenetische Analyse von Gefügeladenoviren Von repräsentativen Geflügeladenovirus(FadV)-Stämmen der verschiedenen europäischen und amerikanischen Kollektionen wurden die Sequenzen der L1-Schleife des Hexonproteins bestimmt und verglichen. Diese Untersuchung ließ den Konsensmangel zwischen der amerikanischen und europäischen Klassifierung bei der Nummerierung der einzelnen Serotypen erkennen. Basierend auf dem Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus des HexonA/HexonB-PCR-Produkts wird ein Identifizierungssystem vorgeschlagen. Außerdem werden neue Einsichten in die Beziehungen der FadV-Stämme aufgezeigt und auf der Basis der phylogenetischen Analyse der L1-Schleifensequenzen diskutiert. Es wurden sechs Stammcluster identifiziert, die durch hohe bootstrap-Werte bestätigt wurden. Drei von ihnen sind eindeutig selbstständig und bilden die Gruppen A,B und C, während die anderen drei in einer einzigen, ‘Supergruppe’ mit der Bezeichnung D zusammengefasst wurden. Interessanterweise konnte der japanische Stamm TR22, der bislang als europäischer Typ 5 (Spezies B) klassifiziert worden ist, in keinen der oben genannten Cluster eingeordnet werden und dürfte deshalb den einzigen Vertreter eines siebten Clusters darstellen. Resumen Análisis filogenético de los adenovirus de las aves de corral Se determinaron y compararon las secuencias del bucle L1 de la proteína hexón de cepas representativas de adenovirus de aves de corral (FAdV) de las diferentes colecciones europeas y americanas. Este estudio mostró una falta de consenso en la identificación de los serotipos individuales entre las clasificaciones americana y europea. Se propone un sistema de identificación basado en el polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción del producto de la PCR del hexónA/ hexónB. Además, se presentan y discuten nuevas percepciones en las relaciones entre las cepas de FAdV en base al análisis filogenético de las secuencias de los bucles L1. Se identificaron seis grupos de cepas basados en valores de bootstrap elevados. Tres de ellos son claramente independientes, formando los grupos A, B y C, mientras que los otros tres están agrupados en un único “supergrupo”, denominado D. De manera interesante, la cepa japonesa TR22 que actualmente se clasifica como tipo 5 Europeo (especie B) no podría incluirse en ninguno de los grupos mencionados anteriormente y podría por lo tanto ser el único representante de un séptimo grupo.