Ketersediaan varietas markisa unggul yang bermutu tinggi, produktif, tahan terhadap hama/penyakit dan toleran terhadap cekaman lingkungan merupakan hal penting dalam peningkatan daya saing industri hortikultura nasional. Upaya untuk memperoleh varietas unggul dilakukan melalui hasil silangan aksesi lokal yang memiliki karakter unggul. Tujuan penelitian ini ialah mengkarakterisasi morfologi dan anatomi markisa berkulit ungu, merah dan markisa hasil silangan. Kegiatan dilaksanakan di Kebun Percobaan Berastagi mulai Oktober 2006 sampai Desember 2011. Hasil analisis pada karakterisasi morfologi dan anatomi markisa diperoleh kemiripan morfologi markisa ungu dan markisa merah berdasarkan habitat, bunga, liana, teresterial, akar tunggang, batang dan arah tumbuh, sedangkan daun, bunga, buah, biji dan warna batang berbeda. Berdasarkan karakter kuantitatif markisa F1 dengan markisa ungu memiliki derajat brix kadar gula sama yakni 16,60 Brix, sedangkan dari segi kadar juice markisa F1 yakni 73,06 ml/100g dengan total asam 1,53%. Berdasarkan dendogram morfologi markisa menunjukkan tingkat kemiripan markisa ungu, markisa merah dan markisa F1 mencapai 81%. Markisa F1 memiliki buah besar, warna kulit ungu kemerahan, aroma rendah jambu biji.