Diseases caused in wheat by Helminthosporium spp. have led to considerable yield and production losses. Different species in this genus are associated with wheat seeds. In Brazil, spot blotch in wheat is caused by Bipolaris sorokiniana (Sacc) Schoem, and another fungus Bipolaris bicolor (Mitra) Shoem that has been also isolated from wheat seeds. The current study was undertaken to identify the most frequent fungus species that normaly infects wheat seeds and compared them with B. sorokiniana. The fungus Bipolaris bicolor (Mitra) Shoem., isolated from wheat seeds cultivar IAPAR, was identified by taxonomic methods and compared with the fungus Bipolaris sorokiniana (Sacc.) Shoem., in relation to growth characteristics on the seeds, as well as to growth characteristics in PDA and morphology of the structures. Type of colony observed on the seeds is important for the differentiation between the fungus species. Bipolaris sorokiniana presented black colonies, which were well-adherent to the seeds, whereas B. bicolor presented grayish, aerial, cotton-like colonies. The size of the conidia also differed in length and width, and B. bicolor presented the smallest dimensions. In relation to septa, B. bicolor conidia presented deep ones, with dark color bases, but seldom presented dark apex. Bipolaris sorokiniana presented homogenous color. Doenças causadas por Helminthosporium spp. em trigo, causam consideráveis perdas na produção. Diferentes espécies do gênero do fungo podem ser encontradas em sementes. No caso do Brasil, a mancha foliar do trigo tem sido causada por Bipolaris sorokiniana (Sacc) Schoem, entretanto, outro fungo como Bipolaris bicolor (Mitra) Shoem tem sido isolado de sementes do trigo. O objetivo do presente trabalho foi identificar as espécies de fungo que normalmente infectam sementes de trigo e comparar com a mais comum B. sorokiniana. O fungo Bipolaris bicolor (Mitra) Shoem., isolado de sementes de trigo var. IAPAR, foi identificado por métodos taxonômicos e comparado com o fungo Bipolaris sorokiniana (Sacc.) Shoem. em relação ao crescimento sobre as sementes bem como às características culturais no meio BDA e morfologia das estruturas. O tipo de colônia observada sobre as sementes é importante para diferenciar as espécies entre si. O fungo B. sorokiniana apresentou colônias de cor preta sendo bem aderidas às sementes, enquanto B. bicolor apresentou colônias aéreas acinzentadas e com aspecto cotonoso. O tamanho dos conídios também diferenciaram no comprimento e largura onde os valores menores corresponderam a B. bicolor. Em relação aos septos, os conídios de B. bicolor apresentavam septo "profundo", com coloração escura na base e, raras vezes no ápice. Os conídios de B. sorokiniana apresentaram coloração homogênea