This article analyses the innovation agenda of the European Union (EU), places it in the context of globalisation and explores its foundation in the theoretical innovation systems perspective. It analyses a number of the central policy domains of this agenda: higher education, doctoral education, research and knowledge transfer.In the second part of the article, some major challenges of the EU innovation agenda for European higher education and research are discussed. These challenges concern: future shortages of higher education graduates, the issue of access and equity, limited world-class research excellence, the need to further increase knowledge transfer efforts, the lack of private funding in higher education and research, and the processes of academic stratification and regional differentiation. Programme-cadre de l’UE en matière d’innovation : les défis de l’enseignement supérieur et de la recherche en EuropeCet article propose une analyse du programme-cadre de l’UE (Union européenne) pour l’innovation, qu’il place dans le contexte de la mondialisation et dont il explore les fondements à la lumière des systèmes d’innovation théoriques. Il examine différents domaines politiques fondamentaux constituant ce programme-cadre : l’enseignement supérieur, les thèses de doctorat, la recherche et le transfert des connaissances. Dans une seconde partie, l’article propose une réflexion sur plusieurs défis importants qui attendent ce programme-cadre sur l’innovation pour l’enseignement supérieur et la recherche en Europe : la pénurie future de diplômés de l’enseignement supérieur, la question de l’accès et de l’équité, le niveau d’excellence limité de la recherche à l’échelle mondiale, la nécessité d’accroître les efforts liés au transfert des naissances, le manque de financement privé dans l’enseignement supérieur et la recherche, et les processus de stratification académique et de différentiation régionale. This article analyses the innovation agenda of the European Union (EU), places it in the context of globalisation and explores its foundation in the theoretical innovation systems perspective. It analyses a number of the central policy domains of this agenda: higher education, doctoral education, research and knowledge transfer.In the second part of the article, some major challenges of the EU innovation agenda for European higher education and research are discussed. These challenges concern: future shortages of higher education graduates, the issue of access and equity, limited world-class research excellence, the need to further increase knowledge transfer efforts, the lack of private funding in higher education and research, and the processes of academic stratification and regional differentiation. Programme-cadre de l’UE en matière d’innovation : les défis de l’enseignement supérieur et de la recherche en EuropeCet article propose une analyse du programme-cadre de l’UE (Union européenne) pour l’innovation, qu’il place dans le contexte de la mondialisation et dont il explore les fondements à la lumière des systèmes d’innovation théoriques. Il examine différents domaines politiques fondamentaux constituant ce programme-cadre : l’enseignement supérieur, les thèses de doctorat, la recherche et le transfert des connaissances. Dans une seconde partie, l’article propose une réflexion sur plusieurs défis importants qui attendent ce programme-cadre sur l’innovation pour l’enseignement supérieur et la recherche en Europe : la pénurie future de diplômés de l’enseignement supérieur, la question de l’accès et de l’équité, le niveau d’excellence limité de la recherche à l’échelle mondiale, la nécessité d’accroître les efforts liés au transfert des naissances, le manque de financement privé dans l’enseignement supérieur et la recherche, et les processus de stratification académique et de différentiation régionale.