Tulisan ini untuk mengungkap salah satu persoalan yang ada di madrasah sebagai akar penghambat dalam peningkatan mutu madrasah. Hasil pengamatan dan kajian yang dilakukan menunjukkan bahwa madrasah dihadapkan pada posisi yang dilematis sebagai lembaga pendidikan. Seharusnya madrasah diberikan kewenangan yang luas dalam pengelolaan madrasah, terlebih saat ini adalah era otonomi daerah. Pada era otonomi saat ini salah satu konsep yang dapat diterapkan untuk meningkatkan mutu pendidikan adalah dengan manajemen berbasis sekolah. MBS merupakan strategi untuk mewujudkan sekolah menjadi lebih bermutu dengan memberikan wewenang yang luas kepada Madrasah. Walaupun Madrasah berada di bawah naungan Departemen Agama namun konsep MBS tetap dapat diimplementasikan berdasarkan atas kesesuaian MBS sebagai strategi mengatasi masalah Madrasah. Pengimplementasian Manajemen Berbasis Madrasah dimaksudkan untuk meningkatkan kualitas madrasah sebagai lembaga pendidikan Islam.