Model Discovery Learning merupakan nama lain dari pembelajaran penemuan. Sesuai dengan namanya, model ini mengarahkan siswa untuk dapat menemukan sesuatu melalui proses pembelajaran yang dijalaninya. Siswa diarahkan untuk terbiasa menjadi saintis. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeskripsikan pemahaman konsep struktur atom: partikel penyusun inti atom, nomor atom, nomor massa, isotop, isoton, dan isobar. Setelah pembelajaran menggunakan model Discovery Learning berbantuan LKS pada Siswa Kelas X MIA-1 SMA Negeri 1 Paku, Barito Timur TahunAjaran 2017/2018. Penelitian ini melibatkan 25 siswa kelas X MIA-1 SMA Negeri 1 Paku, Barito Timur. Data hasil pemahaman konsep siswa diperoleh melalui pemberian tes tertulis berbentuk essay (uraian) terhadap siswa sebelum dan sesudah menggunakan model Discovery Learning, lembar pengamatan pengelolaan pembelajaran, lembar aktivitas belajar siswa menggunakan rubrik penilaian aktivitas kelompok. Data dianalisis dengan teknik deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar pemahaman konsep siswa sudah benar menuliskan dan menjelaskan simbol atom sebagai lambang unsur yang dilengkapi dengan nomor atom dan nomor massa berjumlah 80%. Mendeskripsikan pengertian nomor atom (jumlah proton) sebagai identitas suatu unsur berjumlah 77,33%. Mendeskripsikan pengertian nomor massa sebagai jumlah proton dan neutron dalam suatu inti atom berjumlah 68%. Menuliskan nomor massa, jumlah proton, jumlah neutron, jumlah elektron pada unsur yang diketahui notasinya berjumlah 69,33%, menjelaskan pengertian isotop, isobar, isoton berjumlah 74,66%. Rata-rata pemahaman konsep siswa pada materi struktur atom berjumlah 73,86%.