Animal model estimation of non‐additive genetic parameters in dairy cattle, and their effect on heritability estimation and breeding value prediction

Abstract

Summary First lactation production records of pedigree Holstein‐Friesian cows in the UK were analysed by an animal model, in order to estimate effects of heterosis and recombination loss between North American Holstein and European Friesian cattle and the influence of these effects on breeding value prediction. Coefficients of heterosis and recombination loss were fitted in the animal model as covariables and unknown parents were assigned to a varying number of genetic groups. The estimates of heterosis effects were 104 kg, 4.3 kg and 2.9 kg for milk, fat and protein yield, respectively, while the corresponding coefficients for recombination loss were −135 kg, −2.6 kg and −3.7 kg respectively. Neither the sire component of variance nor the heritability estimates were appreciably affected by the inclusion of heterosis and recombination loss in the model. Including both these effects in the breeding value estimation increased the predicted sire proof for fat plus protein of a typical F1 Holstein × Friesian sire by 3 kg. Zusammenfassung Tiermodellschätzungen nicht‐additiv genetischer Parameter bei Milchrindern und ihre Auswirkung auf Heritabilitätsschätzung und Zuchtwertvoraussage Laktationsleistungen von Herdbuch Holstein‐Friesen Kühen im UK wurden mittels eines Tiermodells analysiert zur Schätzung der Wirkungen von Heterosis und Rekombinationsverlust zwischen nordamerikanischen Holstein und europäischen Schwarzbunten und Einfluß dieser Wirkungen auf Zuchtwahlvorhersagen. Koeffizienten für Heterosis und für Rekombinationsverlust wurden im Tiermodell als Co‐Variable berücksichtigt und unbekannte Eltern einer unterschiedlichen Zahl genetischer Gruppen zugeordnet. Schätzungen der Heterosiswirkungen waren 104 kg, 4,3 kg und 2,1 kg für Milch‐, Fett‐ Proteinmengen, während die diesbezüglichen Koeffizienten für Rekombinationsverlust −135, −2,6 und −3,7 kg waren. Weder die Vatervarianzkomponente noch Heritabilitätswerte wurden durch Berücksichtigung von Heterosis und Rekombinationsverluste im Modell tangiert. Berücksichtigung beider Wirkungen in der Zuchtwertschätzung erhöhte den geschätzten Vaterzuchtwert für Fett + Protein eines typischen F1 Holstein‐Friesen‐Stieres um 3kg.