Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI)

Journal Information
ISSN / EISSN : 2442-2606 / 2548-611X
Total articles ≅ 134
Filter:

Latest articles in this journal

Karyanti Karyanti, Teuku Tajuddin, Hayat Khairiyah, Tati Sukarnih, Gemilang Rahmadara, Nurul Fitri Hanifah, Yayan Rudiyana, Sayuri Kitagawa, Farida Rosana Mira, Hirohisa Saga
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 8, pp 1-11; doi:10.29122/jbbi.v8i1.4715

Abstract:
The availability of high-quality seeds is now a necessity. This is due to a government program to replace oil palm trees in smallholder plantations with high quality seeds. An efficient protocol to produce a large number of embryos is needed. To increase the number of embryogenic callus production, the callus proliferation experiment was carried out through suspension culture. This study aimed to examine the proliferation ability of embryogenic callus from three different oil palm clones, in several repeated subcultures. Liquid MS media added with 1 ppm 2.4-D and 0.1 ppm NAA were used. Embryogenic callus was weighed by 0.1 - 0.2 g, transferred into the liquid media, shaking at 60-80 rpm and 27 ºC for 8 weeks without light. Continues subcultures were repeated up to 7 times. The results showed that the growth rate of embryogenic callus increased in the third and fourth subcultures and then decreased in subsequent subcultures. It also revealed that the entire embryogenic callus from the first subculture up to seventh subculture still has the ability to regenerate into new plants. These results indicate that oil palm embryogenic callus can be proliferated by suspension culture with a limit up to the fourth subculture. Ketersediaan benih kelapa sawit berkualitas saat ini merupakan kebutuhan karena adanya program pemerintah untuk menggantikan tanaman sawit di kebun-kebun petani. Salah satu cara vegetatif yang dapat dilakukan adalah meningkatkan jumlah kalus embriogenik yang dihasilkan melalui pengembangan kultur suspensi. Penelitian ini bertujuan mengkaji kemampuan proliferasi kalus embriogenik dari tiga klon kelapa sawit, pada beberapa kali subkultur yang berulang. Media cair MS dengan penambahan 1 ppm 2,4-D dan 0,1 ppm NAA digunakan untuk memperbanyak 0,1–0,2 g kalus embriogenik, dikocok pada 60-80 rpm dan suhu 27 ºC tanpa cahaya selama 8 minggu. Subkultur berulang dilakukan hingga 7 kali. Hasil percobaan menunjukkan bahwa kemampuan proliferasi kalus dipengaruhi oleh genotip tanaman induk. Rata-rata kalus embriogenik dapat meningkat pada subkultur ke-3 dan ke-4 dan semakin menurun pada subkultur selanjutnya. Kalus embriogenik hasil proliferasi subkultur pertama hingga ke-7 dapat tumbuh menjadi calon tanaman baru. Hasil ini menunjukkan bahwa kalus embriogenik kelapa sawit dapat diperbanyak dengan kultur suspensi pada batas sampai subkultur ke-4.
Theodorus Olwyn Innation, Vincentia Irene Meitiniarti, Desti Christian Cahyaningrum
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 8, pp 33-41; doi:10.29122/jbbi.v8i1.4160

Abstract:
Reduksi Cr(VI) pada Tanah Menggunakan Microbacterium sp. Strain SpR3 dengan Bahan Pembawa Vermikompos Kromium hexavalen [Cr(VI)] adalah polutan yang berasal dari kegiatan industri. Microbacterium sp. strain SpR3 dapat digunakan sebagai agen bioremediasi Cr(VI). Kemampuan agen biologi untuk mereduksi Cr(VI) umumnya meningkat bila diinokulasi dalam media pembawa. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis kemampuan Microbacterium sp. strain SpR3 dalam mengurangi Cr(VI) serta membandingkannya dengan kondisi ketika diinokulasi dalam media pembawa vermikompos. Pengamatan dilakukan selama tujuh hari pada tiga perlakuan yang berbeda, yakni Microbacterium sp. strain SpR3 dengan dan tanpa media pembawa vermikompos yang diinokulasi pada tanah steril yang mengandung 50 ppm Cr(VI), dan tanah steril tanpa inokulasi bakteri yang mengandung 50 ppm Cr(VI). Variabel yang diamati adalah jumlah bakteri, konsentrasi, dan kecepatan reduksi Cr(VI) oleh bakteri tersebut di dalam tanah pada T0 (hari ke-0) dan T7 (hari ke-7). Hasil penelitian ini menyimpulkan bahwa vermikompos bisa digunakan sebagai media pembawa Microbacterium sp. strain SpR3 karena dapat meningkatkan jumlah bakteri sampai 2 × 1010 CFU g-1 di dalam tanah dan dapat mengurangi Cr(VI) dengan kecepatan 0,095 mg L-1 jam-1. Hexavalent chromium [Cr(VI)] is a pollutant originated from industrial activities. Microbacterium sp. strain SpR3 can be used as Cr(VI) bioremediation agent. The ability of bioagent to reduce Cr(VI) usually improves when inoculated in a carrier. This research aimed to assess the ability of Microbacterium sp. strain SpR3 to reduce Cr(VI) in soil and compare its ability when inoculated in vermicompost carrier. Observations were carried out for seven days on three different treatments, namely Microbacterium sp. strain SpR3 with and without vermicompost inoculated in sterile soils containing 50 ppm Cr(VI), and sterile soils containing 50 ppm Cr(VI) without bacterial inoculation. The observed variables were the number of bacteria, the concentration of Cr(VI) and the rate of Cr(VI) reduction by these bacteria in the soil at T0 (day 0) and T7 (day 7). It was concluded that vermicompost could be used as a carrier of Microbacterium sp. strain SpR3 as it could increase the number of the bacteria to 2 × 1010 CFU g-1 in soil and could reduce Cr(VI) at the rate of 0.095 mg L-1 h-1.
Yati Sudaryati Soeka, Muhammad Ilyas
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 8, pp 77-88; doi:10.29122/jbbi.v8i1.4296

Abstract:
Karakterisasi Amilase dan Selulase Miselial Serta Analisis Fisikokimia Basidioma Jamur Lingzhi (Ganoderma lucidum) Lingzi mushroom (Ganoderma lucidum) synthesizes enzymes which have anti-hyperglycemic and anti-diabetic activities. This preliminary study aims to characterize the amylase and cellulase activities of mycelial culture, and to analyze the physicochemical compounds in the basidioma of G. lucidum InaCC F11 and G. lucidum InaCC F106. The enzymes were characterized spectrophotometrically using DNS method, and the basidioma was subjected to proximate and high performance liquid chromatography (HPLC) analysis, as well as microstructural observation using scanning electron microscope. Results showed both strains demonstrated amylase activity, but not cellulase activity. The optimum activity of amylase in G. lucidum InaCC F11 mycelial cultures was achieved on the 3rd incubation day, at pH 5.5, 35 ºC temperature, and 1.5% substrate concentration, whereas that of G. lucidum InaCC F106 on the 7th incubation day, at pH 5, 40 ºC temperature, and 1.75% substrate concentration. Dried basidioma of G. lucidum InaCC F11 contained 93.72% carbohydrates, 3.06% protein, 0.85% fat, 0.768% crude fiber, 0.54% ash, and 1.83% moisture. In addition, HPLC detected the presence of phenols (0.036%), steroids (0.014 mg 100 mL-1), and active triterpenoid compounds. Jamur lingzi (Ganoderma lucidum) mensintesis enzim yang memiliki aktivitas anti-hiperglikemik dan anti-diabetes. Studi pendahuluan ini bertujuan mengkarakterisasi aktivitas amilase dan selulase kultur miselium, serta menganalisis senyawa fisikokimia pada basidioma G. lucidum InaCC F11 dan G. lucidum InaCC F106. Enzim dikarakterisasi secara spektrofotometri menggunakan metode DNS. Basidioma dianalisis secara proksimat, menggunakan kromatografi cair kinerja tinggi (KCKT), serta diamati mikrostrukturnya menggunakan mikroskop elektron. Hasil menunjukkan kedua strain tersebut memiliki aktivitas amilase, dan tidak ada aktivitas selulase. Aktivitas amilase optimum pada kultur miselium G. lucidum InaCC F11 dicapai pada inkubasi hari ke-3, pH 5,5, suhu 35 ºC, dan konsentrasi substrat 1,5%, sedangkan pada kultur miselium G. lucidum InaCC F106 dicapai pada inkubasi hari ke-7, pH 5, suhu 40 ºC, dan konsentrasi substrat 1,75%. Basidioma kering G. lucidum InaCC F11 mengandung karbohidrat 93,72%, protein 3,06%, lemak 0,85%, serat kasar 0,768%, abu 0,54%, dan kadar air 1,83%. Selain itu, KCKT mendeteksi adanya fenol (0,036%), steroid (0,014 mg 100 mL-1), dan senyawa triterpenoid aktif.
Rudiyanto, Darda Efendi, Erwin Al-Hafiizh, Tri Muji Ermayanti
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 8, pp 14-24; doi:10.29122/jbbi.v8i1.4092

Abstract:
Physic nut (Jatropha curcas Linn.) has the potential as a source of sustainable biofuels. Somatic embryo proliferation of J. curcas may cause somaclonal variations. This research aimed to investigate somaclonal variations of J. curcas somatic embryo derived-plantlet using ISSR markers. Somatic embryos of J. curcas at the globular phase were cultured on liquid MS medium supplemented with 0, 0.5, 1.0, 1.5, and 2.0 mg L-1 of 2,4-D. Parameter observed were embryos weight, embryos volume, colour, and size of embryos. After proliferation, the embryos were cultured on a germination medium until the cotyledonary phase. The results showed that proliferation of J. curcas somatic embryos was optimal, with the highest weight and volume, at MS medium added with 1 mg L-1 2,4-D.
Devit Purwoko, Teuku Tajuddin, Pramono, Rismayanti, Muhamad Farkhan Yanuar, Imastini Dinuriah, Hidayatul Arisah, Dita Agisimanto
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 8, pp 57-67; doi:10.29122/jbbi.v8i1.4029

Abstract:
Analysis of the Genetic Homogeneity of Apple (Malus spp.) Clones Propagated by Ex Vitro Culture Based on SSR Markers Propagation of apple plants (Malus spp.) vegetatively has the advantage of genetic homogeneity between clones and their parents. However, the possibility of cytological and off-type deviations persists during mass propagation. This study aims to analyze the genetic homogeneity of apple plants using SSR markers in ex vitro propagation techniques. Morphological observations between the parental plant and the ex vitro propagation derived clones and also among themselves did not show any differences. To analyze the genetic heterogeneity of these plants, 15 SSR primers were screened on 29 propagation clones of apple var. Anna and Manalagi. Genetic characters were scored for group analysis using Darwin 6.05. Eight SSR primers (IPA 2, IPA 3, IPA 4, 5 PA, 6 PA, 12 PA, 13 PA, and 14 PA) produced 82 clear and easily visible bands in the size range of 90-365 bp. This study successfully detected the uniformity of all band patterns from the plant samples. The SSR markers could be used to analyze the genetic stability of the ex vitro propagation of apple clones. Perbanyakan tanaman apel (Malus spp.) secara vegetatif memiliki keunggulan homogenitas genetik antara klon dengan induknya. Namun kemungkinan terjadi penyimpangan sitologi dan off type tetap ada saat perbanyakan massal. Penelitian ini bertujuan untuk menguji homogenitas genetik tanaman apel menggunakan penanda SSR pada teknik perbanyakan ex vitro. Pengamatan secara morfologi antara tanaman induk dengan hasil perbanyakan secara ex vitro dan dengan sesamannya tidak menunjukkan perbedaan. Untuk menganalisis homogenitas genetik tanaman ini kami menyaring 15 primer SSR pada 29 klon perbanyakan tanaman apel varietas Anna dan Manalagi. Karakter genetik dihitung untuk analisis kelompok menggunakan Darwin 6.05. Sebanyak 8 primer SSR (IPA 2, IPA 3, IPA 4, 5 PA, 6 PA, 12 PA, 13 PA, dan 14 PA) menghasilkan 82 pita yang jelas dan mudah terlihat dalam kisaran ukuran 90-365 bp. Studi ini juga berhasil mendeteksi keseragaman pola pita semua sampel tanaman. Penanda SSR dapat digunakan untuk analisis stabilitas genetik perbanyakan ex vitro dari tanaman apel.
Adhitya Naufal Pribadhi, Endang Kusdiyantini, Rejeki Siti Ferniah
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 8, pp 25-32; doi:10.29122/jbbi.v8i1.3906

Abstract:
Isolation and Characterization of Lactic Acid Bacteria from Fermented Food Cincalok as Producer of Gamma-Aminobutyric Acid Cincalok is a fermented food originating from West Kalimantan. This study aimed to obtain lactic acid bacterial isolates (LAB) capable of producing gamma-aminobutyric acid (GABA), to characterize the LAB isolates obtained, and to obtain GABA by the Thin Layer Chromatography (TLC) method. Bacterial growth and GABA production was carried out by adding 5% MSG and without MSG, and measured spectrophotometrically. In this study, 4 LAB bacterial isolates were obtained which were coded CIN-1, CIN-2, CIN-3, and CIN-4. GABA identification of all the LAB isolates using TLC Silica Gel 60 F254 with butanol: acetic acid: distilled water (5: 3: 2) as eluent yielded Rf 0.61 and Rf MSG 0.38. The highest growth was achieved by isolate CIN-3 with an absorbance of 1.488 (at 48 hour) in non-MSG medium, while the addition of 5% MSG resulted in an absorbance of 1.631 (at 42 hour). GABA production was achieved by isolate CIN-3 with 5% MSG treatment with a concentration of 201.472 mM and without MSG with a concentration of 171.195 mM. Cincalok merupakan pangan fermentasi yang berasal dari Kalimantan Barat. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat bakteri asam laktat (BAL) yang mampu menghasilkan gamma-aminobutyric acid (GABA), melakukan karakterisasi isolat BAL yang diperoleh dan dapat diperoleh GABA dengan metode Kromatografi Lapis Tipis (KLT). Penumbuhan bakteri dan produksi GABA dilakukan dengan penambahan MSG 5% dan tanpa MSG, dan diukur menggunakan spektrofotometer. Dalam penelitian ini diperoleh 4 isolat bakteri BAL yang diberi kode CIN-1, CIN-2, CIN-3, dan CIN-4. Identifikasi GABA dari semua isolat BAL tersebut menggunakan KLT Silica Gel 60 F254 dengan eluen butanol: asam asetat: aquades (5: 3: 2), menghasilkan Rf 0,61 dan Rf MSG 0,38. Pertumbuhan tertinggi terjadi pada isolat CIN-3 non MSG dengan absorbansi 1,488 (jam ke-48), sedangkan dengan penambahan MSG 5% menghasilkan absorbansi 1,631 (jam ke-42). Produksi GABA dicapai isolat CIN-3 dengan perlakuan MSG 5% dengan konsentrasi 201.472 mM dan tanpa MSG dengan konsentrasi 171,195 mM.
Nelky Suriawanto, Evi Setyawati, Narwan
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 8, pp 68-76; doi:10.29122/jbbi.v8i1.4585

Abstract:
The Effect of Treatment Using Stingless Bee Propolis Extract on Burn Wound Healing in Rattus norvegicus Burn would occurs as a result of direct or indirect fire burns, exposure to sunlight and chemicals. This study aims to analyze the effect of stingless bee propolis extract (Tetragonula fuscobalteata) on the burn wound healing of the back skin of Rattus norvegicus. An experimental research was carried out using the control and experimental groups. Twenty five R. norvegicus were divided into 5 groups: the negative control group was given 70% ethanol, the positive control group was given Bioplacenton® and 3 groups were treated with propolis extract with a concentration of 50%, 70% and 100%. Measurement of burn diameter was carried out every 2 days for 21 days. Data were analyzed statistically using the one way Anova method. The results of phytochemical screening showed that the stingless bee propolis extract contained flavonoids, phenolics, tannins and saponins. The test of the effectiveness of propolis extract against burn wound obtained a sig value of 0.00 (< 0.05). stingless bee propolis extract could heal burn wound in R. norvegicus. Luka bakar dapat terjadi akibat terbakar api secara langsung atau tidak langsung, paparan sinar matahari dan bahan kimia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh ekstrak propolis lebah tanpa sengat (Tetragonula fuscobalteata) terhadap penyembuhan luka bakar pada kulit punggung Rattus norvegicus. Metode yang digunakan merupakan penelitian true experimental menggunakan kelompok kontrol dan eksperimen. Dua puluh lima ekor R. norvegicus dibagi menjadi 5 kelompok: kelompok kontrol negatif diberi etanol 70%, kontrol positif diberi Bioplacenton®, dan 3 kelompok perlakuan ekstrak propolis dengan konsentrasi 50%, 70%, dan 100%. Pengukuran diameter luka bakar dilakukan setiap 2 hari selama 21 hari. Data dianalisa secara statistik menggunakan metode Anova satu arah. Hasil skrining fitokimia ekstrak propolis lebah tanpa sengat positif mengandung senyawa flavonoid, fenolik, tanin, dan saponin. Uji efektivitas ekstrak propolis terhadap luka bakar didapatkan nilai sig 0,00 (< 0,05). Ekstrak propolis lebah tanpa sengat dapat menyembuhkan luka bakar pada R. norvegicus.
Arina Muniroh, Imam Suja'I, Aji Wibowo, Henry Kasman Hadi Saputra, Etyn Yunita, Catur Sriherwanto
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 8, pp 42-56; doi:10.29122/jbbi.v8i1.4743

Abstract:
Changes in the Contents of Phytic Acid and Essential Amino Acids of Animal Feed Organic Materials Fermented by Tempe Starter The contents of antinutrients and nutrients are important in the selection of feed ingredients, especially for monogastric animals. The aim of this study is to determine the change in the contents of antinutrient phytic acid and nutrient essential amino acid in selected organic materials. Nine organic ingredients of agro-industrial by-products, namely rice bran, coffee skin, cassava bagasse, corn, coconut dreg, soy bean meal, pollard, corn gluten feed (CGF), and copra meal were fermented in solid state using tempeh starter for 48 hours at 30°C. Dense mycelia overgrowing evenly on the top, bottom, and cross-sliced surfaces was observed on rice bran, maize and copra meal substrates. These 3 selected organic materials were then analysed for the content of phytic acid and essential amino acids. The results showed that the lowest decrease (75.80%) in phytic acid content occurred in maize, namely from 18.49 ± 0.41 mg g-1 (before fermentation) to 4.48 ± 0.19 mg g-1 (after fermentation). The highest increase (59%) of total essential amino acids occurred in copra meal, namely from 38,991.89 ± 447.12 mg kg-1 (before fermentation) to 61,816.56 ± 894.24 mg kg-1 (after fermentation). Kandungan antinutrisi dan nutrisi merupakan hal penting dalam pemilihan bahan pakan, terutama untuk hewan monogastrik. Penelitian ini bertujuan mengetahui perubahan kandungan antinutrisi asam fitat dan nutrisi asam amino esensial pada bahan organik tertentu yang terpilih. Sembilan bahan organik yang merupakan hasil samping agroindustri, yakni dedak padi, kulit kopi, onggok, jagung, ampas kelapa, bungkil kedelai (soy bean meal), dedak gandum (pollard), produk samping jagung corn gluten feed (CGF), dan bungkil kopra difermentasi padat menggunakan ragi tempe selama 48 jam pada suhu 30°C. Miselium yang tumbuh subur, padat, dan merata pada permukaan atas, bawah, dan irisan melintang teramati pada dedak padi, jagung, dan bungkil kopra. Tiga bahan organik terpilih ini kemudian dianalisa kandungan asam fitat dan asam amino esensialnya. Hasil menunjukkan bahwa penurunan terbesar (75,80%) kandungan asam fitat terjadi pada jagung, yakni dari 18,49 ± 0,41 mg g-1 (sebelum fermentasi) menjadi 4,48 ± 0,19 mg g-1 (setelah fermentasi). Peningkatan tertinggi (59%) asam amino esensial total terjadi pada bungkil kopra, yakni dari 38.991,89 ± 447,12 mg kg-1 (sebelum fermentasi) menjadi 61.816,56 ± 894,24 mg kg-1 (setelah fermentasi).
Resa Sri Rahayu, Indriati Ramadhani, Masrukhin Masrukhin, Indira Riastiwi, Apriliana Dyah Prawestri, Yeni Yuliani
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 7, pp 234-249; doi:10.29122/jbbi.v7i2.4381

Abstract:
Konfirmasi Mikroba Endofit Penyebab Kontaminasi pada Kultur Jaringan Kangkung (Ipomoea aquatica Forssk.) Tanaman kangkung secara alami bersimbiosis dengan mikroba endofit, yang berpotensi menjadi kontaminan pada kultur jaringan kangkung karena berada di dalam jaringan dan sulit dijangkau saat proses sterilisasi eksplan. Tujuan penelitian ini adalah mengonfirmasi mikroba endofit penyebab kontaminasi pada kultur jaringan kangkung ‘Tetraploid’ sehingga dapat menjadi informasi awal untuk metode sterilisasi yang efektif. Sebanyak 14 sampel kontaminan pada media tanam kultur jaringan kangkung diisolasi dan diidentifikasi secara molekuler berdasarkan gen 16S rDNA untuk bakteri, daerah D1/D2 dari gen LSU rRNA untuk khamir, dan daerah ITS dari gen rDNA untuk jamur. Keragaman jenis mikroba yang teridentifikasi dibandingkan dengan keragaman jenis mikroba endofit dari jaringan tanaman kangkung yang ditanam pada media kultur jaringan tidak terkontaminasi mikroba, media kultur jaringan terkontaminasi mikroba, media tanam campuran tanah steril dan tidak steril, serta kangkung yang didapatkan dari pasar. Hasil penelitian ini mengonfirmasi bahwa khamir endofit dari kelompok Ustilaginaceae (basidiomycetous yeast) yang berasal dari jaringan tanaman kangkung sama dengan jenis kontaminan yang mengontaminasi media kultur jaringan kangkung ‘Tetraploid’. Khamir dari kelompok Ustilaginaceae (basidiomycetous yeast) tersebut juga merupakan mikroba paling dominan yang mengontaminasi media tanam kultur jaringan kangkung ‘Tetraploid’. Keywords: Ipomoea aquatica, kultur jaringan, mikroba endofit, morfologi, pohon filogeni Water spinach in nature lives in symbiosis with endophytic microbes, which have the potential to become contaminants in water spinach tissue culture because they are difficult to eliminate during the explant sterilization process. This study aimed to confirm endophytic microbes that cause contamination in the tissue culture of 'Tetraploid' water spinach so that it can provide initial information for an effective sterilization method. Fourteen contaminant samples in water spinach tissue culture media were isolated and identified molecularly based on the 16S rDNA gene for bacteria, the D1/D2 region of the LSU rRNA gene sequences for yeast, and ITS region of the rDNA gene for mold. The diversity of microbial species identified was compared with the diversity of endophytic microbial types from water spinach plant tissue grown on sterile tissue culture media, microbially contaminated tissue culture media, sterile and non-sterile soil mixed planting media, and water spinach obtained from the market. The results confirmed that endophytic yeast from Ustilaginaceae group (basidiomycetous yeast) derived from water spinach plant tissue was the same type of microbe that contaminated the 'Tetraploid' water spinach tissue culture media. The results gave new information that yeast from the Ustilaginaceae (basidiomycetous yeast) group was the most dominant microbe contaminating water spinach ‘Tetraploid’ tissue culture media. This group is endophytic yeast that lives within Ipomoea aquatica tissues.
Saly Amaliacahya Aprilian, Firdayani Firdayani, Susi Kusumaningrum
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI), Volume 7, pp 296-303; doi:10.29122/jbbi.v7i2.3092

Abstract:
Studi In Silico Senyawa Turunan Sefalosporin dalam Menghambat Aktivitas Bakteri Pseudomonas aeruginosa Infeksi yang diakibatkan oleh bakteri gram-negatif, seperti Pseudomonas aeruginosa telah menyebar luas di seluruh dunia. Hal ini menjadi ancaman terhadap kesehatan masyarakat karena merupakan bakteri yang multi-drug resistance dan sulit diobati. Oleh karena itu, pentingnya pengembangan agen antimikroba untuk mengobati infeksi semakin meningkat dan salah satu yang saat ini banyak dikembangkan adalah senyawa turunan sefalosporin. Penelitian ini melakukan studi mengenai interaksi tiga dimensi (3D) antara antibiotik dari senyawa turunan Sefalosporin dengan penicillin-binding proteins (PBPs) pada P. aeruginosa. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengklarifikasi bahwa agen antimikroba yang berasal dari senyawa turunan sefalosporin efektif untuk menghambat aktivitas bakteri P. aeruginosa. Struktur PBPs didapatkan dari Protein Data Bank (PDB ID: 5DF9). Sketsa struktur turunan sefalosporin digambar menggunakan Marvins Sketch. Kemudian, studi mengenai interaksi antara antibiotik dan PBPs dilakukan menggunakan program Mollegro Virtual Docker 6.0. Hasil yang didapatkan yaitu nilai rerank score terendah dari kelima generasi sefalosporin, di antaranya sefalotin (-116.306), sefotetan (-133.605), sefoperazon (-160.805), sefpirom (-144.045), dan seftarolin fosamil (-146.398). Infections caused by gram-negative bacteria, such as Pseudomonas aeruginosa, have been spreading worldwide. It is a threat to public health because of its multi-drug resistance and difficulty to treat. Therefore, the demand for developing antimicrobial agents to treat infections is increasing. One of them that is currently under development is cephalosporin derivative compounds. This research studied the three-dimensional (3D) interaction between antibiotics from cephalosporin derivatives and penicillin-binding proteins (PBPs) in P. aeruginosa. This study aimed to clarify whether the cephalosporin derivatives were effective in inhibiting the activity of P. aeruginosa. The PBPs structure was obtained from the Protein Data Bank (PDB ID: 5DF9). The structural sketch of the cephalosporin derivative was drawn using the Marvins Sketch, whereas the study on the interaction between antibiotics and PBPs was carried out using the Mollegro Virtual Docker 6.0 program. The results showed the lowest rerank score from five cephalosporin derivatives, namely cephalotin (-116,306), cephotetan (-133.605), cephoperazone (-160.805), cephpirome (-144.045), and cephtaroline fosamil (-146.398).
Back to Top Top