Differential activity of genes with fragments of IS630/TC1/MARINER transposons in the genome of MNEMIOPSIS LEIDYI
- 1 January 2022
- journal article
- Published by Media Sphere Publishing Group in Molecular Genetics Microbiology and Virology (Russian version)
- Vol. 40 (4)
- https://doi.org/10.17116/molgen20224004130
Abstract
ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Мобильные генетические элементы (МГЭ) оказывают значительное влияние на структуру и функционирование генома и являются источником новых генов. В результате «молекулярного одомашнивания» гены МГЭ становятся функциональной частью генома хозяина. Суперсемейство ДНК-транспозонов IS630/Tc1/mariner (ITm) является одним из самых широко распространенных и разнообразных. К настоящему времени известно несколько генов, которые появились вследствие кооптации ITm-транспозонов. Данная работа была направлена на поиск генов гребневика Mnemiopsis leidyi, в последовательность которых были включены фрагменты ITm-транспозонов, с последующим анализом их уровня экспрессии. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ В представленной работе для поиска гипотетических химерных генов был использован метод локального выравнивания (BLASTn). Анализ дифференциальной активности генов оценивали с помощью совместного использования программ Kallisto и Sleuth. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Не было обнаружено ни одной кДНК, которая бы соответствовала полной кодирующей последовательности транспозазы какого-либо ITm-транспозона M. leidyi. Однако был обнаружен 21 уникальный транскрипт гипотетических химерных генов, имеющих участки гомологичные ITm-транспозонам. Транскрипционный анализ показал, что в процессе раннего эмбрионального развития, а также в тканях гребней и эпителия взрослых животных преобладающая доля гипотетических химерных генов не экспрессируется либо экспрессируется на низком уровне. Однако в нескольких локусах фиксируется дифференциальный уровень активности в процессе регенерации. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Дифференциальная активность отдельных гипотетических химерных генов в процессе регенерации может свидетельствовать об их возможном «одомашнивании» и вовлеченности в молекулярно-генетические процессы гребневиков.This publication has 34 references indexed in Scilit:
- The catalytic domain of all eukaryotic cut-and-paste transposase superfamiliesProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2011
- Promiscuous DNA: horizontal transfer of transposable elements and why it matters for eukaryotic evolutionTrends in Ecology & Evolution, 2010
- Molluscan mobile elements similar to the vertebrate Recombination-Activating GenesBiochemical and Biophysical Research Communications, 2008
- DNA Transposons and the Evolution of Eukaryotic GenomesAnnual Review of Genetics, 2007
- A unified classification system for eukaryotic transposable elementsNature Reviews Genetics, 2007
- Database resources of the National Center for Biotechnology InformationNucleic Acids Research, 2007
- Exaptation of Protein Coding Sequences from Transposable ElementsPublished by S. Karger AG ,2007
- RAG1 Core and V(D)J Recombination Signal Sequences Were Derived from Transib TransposonsPLoS Biology, 2005
- Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programsNucleic Acids Research, 1997
- Evidence for a transposon in caenorhabditis elegansCell, 1983