Myxoboluskoi adalah jenis parasit myxospore yang banyak menginfeksi ikan hias tawar, penyakit ini disebut juga myxobolusis. Saat ini terdapat 29 spesies Myxobolus yang telah teridentifikasi menginfeksi Cyprinus carpio, dengan 17 diantaranya menginfeksi insang, sehingga akan sulit menentukan jenis spesies Myxobolus dengan cara konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Myxobolus yang menginfeksi ikan koi Cyprinus carpio berdasarkan analisa konvensional dan secara molekuler. Spora Myxobolus yang diperoleh dari Kabupaten Blitar secara mikroskopis memiliki ukuran panjang spora 11-14 µm dengan rata-rata 12,82 ±0,75 µm dan lebar 7-8 µm dengan rata-rata 7,09±0,84 µm, sedangkan ukuran kapsul memiliki panjang 7-8 µm dengan rata-rata 7,36 ±0,497 µm dan lebar 2-3 µm dengan rata-rata 2,64±0,49 µm n=10. Hasil elektroforesis ikan yang secara klinis terinfeksi Myxobolus koi muncul pita (band) pada 2000 bp, sequensing DNA parasit Myxobolus koi yang menginfeksi ikan koi (Cyprinus carpio) di Blitar memiliki kemiripan (percent identity) tertinggi dengan kode sampel KT.240127.1 yaitu pada Myxobolus koi yang menginfeksi ikan Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) di Barat Daya China. Jarak genetik sampel Myxobolus koi blitar terdekat pada sampel Myxobolus koi pada ikan koi (Cyprinus carpio) dengan kode sampel FJ841887.1 dan Myxobolus koi pada ikan rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) dengan kode sampel KT240127.1. pada nilai yang sama 0,273.