Sungai Meduri yang mengalir di desa ngaliyan, pandanarum, tirto, tegal dowo dan jeruk sari merupakan salah satu di kabupaten pekalongan yang diindikasikan tercemar oleh limbah batik. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui kualitas sungai Meduri ditinjau dari aspek fisika (suhu, kecerahan, TSS dan kedalaman), aspek kimia (DO, pH, BOD, Cr6+, Minyak dan Fenol) dan aspek biologi (plankton). Penelitian ini dilakukan pada bulan mei-juni 2015. pengambilan sampel dilakukan sebanyak 3 kali dengan interval waktu 2 minggu sekali. Komunitas Plankton di Sungai Meduri terdiri dari kelas Barcillariophyceaea, Chlorophycea, Chyanophyceae, Rotatoria dan Entomostraca. Kelimpahan berkisar antara 1104-5393, Indeks keanekaragaman (H’) berkisar antara 1,011-1,885, Nilai indeks Keanekaragaman terendah pada staisu. bila nilai indeks keanekaragamn berkisar antara 1-1,5 menandakan perairan dalam kondisi tercemar sedang sampai berat Indeks keseragaman (E) berkisar antara 0,564-0,978 dan indeks Dominasi berkisar antara 0,022-1,000.pada sungai Meduri tidak ada biota yang mendominasi. Kandungan Biological Oxygen Demand (BOD) di perairan Sungai Meduri memiliki nilai yang melebihi baku mutu air kelas III. Berdasarkan PP RI No. 82 Tahun 2001 tentang Pengelolaan Kualitas dan Pengendalian Pencemaran Air, Baku mutu air kelas III untuk parameter BOD adalah 3 mg/l. Nilai Cr6+ dan Minyak masih berada dibawah baku mutu air kelas III yaitu 0,05 mg/l dan 1000 mg/l. Sedangkan nilai fenol paling tinggi terdapat pada stasiun 3 dan 4 yaitu 0,11mg/l dan 0,07 mg/l, baku mutu nilai fenol adalah 1 mg/l.