Reseptor Estrogen (RE) α akan berinteraksi dengan estrogen dalam tubuh manusia. Bila kadar Estrogen berkurang akan menyebabkan menopause. Isoflavon merupakan fitoestrogen yang dapat terikat pada kedua jenis estrogen reseptor.Tempe merupakan makanan yang mengandung isoflavon yaitu faktor II (6,7,4-trihidroksi isoflavon). Isoflavon bermanfaat antara lain untuk mencegah penyakit tulang, menurunkan kolesterol jahat, dan mencegah kanker. RE α merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pengganti pada wanita menopause dan obat kemoterapi melawan kanker. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE α serta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Penelitian diawali dengan optimasi struktur RE α (PDB kode 2OUZ), kemudian disimulasikan docking dengan ligan menggunakan autodock Vina, dan ditentukan energi afinitasnya. Ligan yang digunakan pada penelitian ini adalah faktor II, daidzein, genistein, glisitein dan biochanin A dengan estrogen sebagai pembanding. Hasil penelitian ini menunjukkan energi afinitas RE α berturut-turut adalah -6,3 kkal/mol; -6,2 kkal/mol; -6,1 kkal/mol; -5,9 kkal/mol; dan -5,7 kkal/mol.