Meningkatnya aktivitas manusia di sepanjang aliran sungai telah memberi pengaruh terhadap ekosistem muara. Muara Sungai Cimandiri yang terletak di Teluk Palabuhanratu memberikan masukan sedimen yang cukup besar ke perairan teluk. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis karakteristik fisika-kimia sedimen daerah aliran sungai dan pesisir Cimandiri. Penelitian dilakukan pada bulan September dan November 2020 di alur sungai, muara, dan rawa pesisir Cimandiri. Parameter fisika kimia yang diamati meliputi turbiditas, total padatan tersuspensi (TSS), kedalaman air, kecepatan arus, fraksi sedimen, bahan organik total, dan total nitrogen (TN). Sampel sedimen diambil menggunakan Ekman Grab dan dianalisis lebih lanjut di laboratorium, sedangkan parameter lainnya diukur secara insitu. Hasil analisis menunjukkan kecepatan arus maksimum sebesar 6,0 cm/det diperoleh di ruas sungai (St. S02) dan arus minimum 1,2 cm/det di ruas rawa pesisir (St. RP02). Nilai TSS dan turbiditas di ruas muara cenderung lebih tinggi dibandingkan ruas alur sungai dan rawa pesisir. Material sedimen secara keseluruhan terdiri dari beberapa ukuran yaitu: ukuran >1,70 mm (kerikil); ukuran 0,09 mm s.d 1,70 mm (pasir); dan ukuran <0,09 mm (lempung). Sedimen pada ruas sungai didominasi oleh kerikil dan pasir, ruas rawa pesisir didominasi oleh pasir dan lempung, serta di ruas muara didominasi oleh jenis lumpur. Kandungan nitrogen dan bahan organik cenderung lebih tinggi di ruas muara sungai dan sebagian rawa pesisir.