Danau Limboto kini berada pada kondisi yang sangat memperihatinkan karena mengalami proses penyusutan dan pendangkalan akibat sedimentasi dan tempat pembuangan sampah yang mengancam keberadaan ekosistem dimasa yang akan datang. Berdasarkan permasalahan tersebut, maka dilakukanlah penelitian dengan judul tingkat pencemaran Perairan Danau Limboto Gorontalo. Pengukuran beberapa parameter kualitas air dilakukan secara insitu pada 8 (delapan) stasiun yang dilakukan secara sampling dan analisis laboratorium beberapa parameter kualitas air dilakukan pada Balai Riset dan Standardisasi Industri Manado. Tingkat pencemaran pada perairan Danau Limboto dihitung menggunakan indeks pencemaran Kirchoff 1991 dan indeks pencemaran logam berat menurut KepmenLH No. 115 Tahun 2003. Hasil Penelitian menunjukkan bahwa tingkat pencemaran stasiun 1, 2, 3, 4 dan 5 tergolong tercemar ringan dengan nilai indeks kimia kirchoff berkisar 59.13-70.64, sedangkan stasiun 6, 7 dan 8 tergolong tercemar sedang dengan nilai indeks kimia kirchoff berkisar 42.58-55.82. Tingkat pencemaran logamberat Pb dan Cd pada perairan Danau Limboto masih berada dalam kondisi normal dengan nilai indeks pencemaran logam 0≤PIj ≤1 yaitu memenuhi baku mutu (kondisi baik). Kata Kunci : Tingkat Pencemaran, Danau Limboto, Indeks Kirchoff