Рак остается второй ведущей причиной смерти в мире, несмотря на значительные улучшения в диагностике и терапии. Отчасти это связано с тем, что большинство разработанных терапевтических средств были направлены на опухолевые клетки, игнорируя микроокружение опухоли. В настоящее время наблюдается повышенный интерес к пониманию роли микроокружения в росте и прогрессировании опухоли, что подтолкнуло к новой парадигме лечения рака: нацеливанию на строму опухоли. Строма может составлять более 50% массы опухолевого узла и координировать пролиферацию, локальную инвазию и, в конечном итоге, метастазирование раковых клеток в окружающие ткани. Строма включает внеклеточный матрикс, иммунные клетки, сосудистую сеть опухоли, фибробласты, нейроэндокринные клетки и жировые клетки. Злокачественные клетки рекрутируют стромальные клетки для ремоделирования структуры ткани и выделения стимулов роста и промежуточных метаболитов. В результате стромальные компоненты вносят вклад во множественные процессы онкогенеза, которые включают рост опухоли, инвазию, метастазирование и устойчивость к терапии. Большую роль в этих процессах играют опухоль-ассоциированные фибробласты. В этом обзоре рассмотрены основные механизмы межклеточных взаимодействий в строме опухоли, в том числе их регуляция и роль в онкогенезе.

ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Изучить вариабельность структурной организации гена oipA и его функциональный статус в образцах H. pylori с использованием метода секвенирования, оценить его связь с наличием генов острова патогенности cagPAI и характером клинического течения хеликобактериоза. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ Объектом исследования были 84 образца ДНК H. pylori, выделенных из биоптатов антрального отдела слизистой оболочки желудка пациентов с различными гастродуоденальными заболеваниями. Детекция генов острова патогенности HP (cagPAI) была выполнена методом ПЦР. Анализ функционального статуса гена oipA проводили методом секвенирования. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Установлено, что 79,8% образцов H. pylori имеют статус гена oipA «включен», а остальные 20,2% образцов имели нефункциональный статус гена. Показано, что статус oipA «включен» достоверно ассоциирован с повышенным риском развития язвы ДПК по сравнению с поверхностным гастритом (p<0,003, ОШ=14,5). Связи между статусом oipA и риском развития атрофического гастрита не выявлено. Исследование показало высокую частоту выявления генов острова патогенности среди образцов ДНК H. pylori со статусом гена oipA «включен». Наблюдается достоверная корреляция между включенным геном oipA и наличием всех изученных генов cagPAI, наибольший коэффициент корреляции отмечен для генов cagT и cagM. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Связь между функциональным статусом гена oipA и факторами патогенности, кодируемыми островом патогенности cagPAI, играет важную роль в патогенезе H. pylori и требует дальнейшего изучения.

ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Сравнение репертуара белков системы гемостаза человека и фрагментов, мимикрирующих эти белки, в белках вирусов гриппа A/H1N1 и коронавирусов. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ Для сравнительного компьютерного анализа использованы вирусы гриппа A/H1N1 (A/Brevig Mission/1/18), А/Санкт-Петербург/RII04/2016 (H1N1)pdm09 и коронавирусы SARS-CoV, SARS-CoV-2 (штамм Wuhan-Hu-1). Источником первичных структур белков анализируемых вирусов и 41 белка системы гемостаза человека служили общедоступные в интернете базы данных www.ncbi.nlm.nih.gov и www.nextprot.org соответственно. Поиск гомологичных последовательностей в структуре вирусных белков и белков гемостаза осуществляли путем сравнения в них фрагментов длиною в 12 аминокислот, принимая родственными те из них, которые проявляли идентичность по ≥ 8 позициям. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Сравнительный анализ репертуара клеточных белков системы гемостаза и фрагментов, мимикрирующих эти белки, в структуре белков вирусов А/H1N1 1918 г., A(H1N1)pdm09 2016 г., SARS-CoV и SARS-CoV-2, показал резкое отличие SARS-CoV-2 от анализируемых вирусов. В структуре белков вируса SARS-CoV-2 была выявлена мимикрия почти ко всем анализируемым белкам гемостаза. Что касается сравнения вирусов А/H1N1 1918 г., A(H1N1)pdm09 2016 г. и SARS-CoV, то наиболее близкими по репертуару белков гемостаза являются вирусы гриппа A/H1N1 1918 г. и SARS-CoV. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Сравнительный биоинформативный анализ репертуара белков гемостаза и белков вирусов гриппа (1918 г., 2009 и 2016 гг. выделения) и коронавирусов (SARS-CoV и SARS-CoV-2) показал резкое отличие вируса SARS-CoV-2 от анализируемых вирусов в основном за счет мимикрии дополнительных белков, участвующих в процессах тромбообразования. Полученные данные могут служить основой для дальнейших экспериментальных исследований по изучению роли гомологичных фрагментов в регуляции вирусами гемостаза организма хозяина.

Инфекционные осложнения, вызванные антибиотикорезистентными штаммами у пациентов с ожоговой травмой, являются причиной 30—75% всех смертельных случаев. Чрезвычайно важно знать профиль восприимчивости, механизмы резистентности к противомикробным препаратам и преобладающий генетический клон для оптимального клинического контроля. ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Выявление механизмов резистентности к антибиотикам патогенов, участвующих в развитии гнойно-воспалительных осложнений у больных с ожогами. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ В 2011—2017 гг. обследованы 90 пациентов с глубокими ожогами, находившихся на лечении в Краевой клинической больнице Красноярска. Материалы исследовали бактериологическим методом, MALDI-TOF. Чувствительность к антибиотикам определяли методами: диско-диффузионным; Е-тестом; серийных разведений; ПЦР. Для генотипирования и выявления механизмов устойчивости использовали ПЦР, секвенирование. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Установлено превалирование смешанной флоры мульти- и экстремально резистентных возбудителей, представителей группы ESKAPE. У 66,7% штаммов P. aeruginosa (n=9) выявили ген bla_VIM, у 22,2% штаммов — bla_CTX-M. У 50% изолятов A. baumannii (n=8) — bla_OXA-24-like, у 25% — bla_OXA-23-like, у 100% гены bla_OXA-51-like, ompA, adeR. По 50% штаммов K. pneumonia (n=2) обладали bla_TEM и bla_CTX-M, 100% — bla_SHV, ompK36. Изоляты MRSA PVL- (n=10), относятся к варианту ST239, spat037,SCCmecIIIA,tst, обладают генами резистентности aacA-aphD, aadD, ermA, tetM, cat (плазмида 2,5 т.п.н.); выявлены мутации в GyrA-Ser84Leu и GrlA-Ser80Phe, а также в rpoB-His481Asn, Ile527Met. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Установлено распространение среди пациентов с ожогами штаммов P. aeruginosa, A. baumannii и K. Pneumoniae, обладающих карбапенемазами и другими механизмами. Резистентность MRSA обусловлена наличием генов резистентности, мутациями в хромосомных генах.

Туляремия — природно-очаговая зоонозная инфекция, способная вызывать эпидемические проявления чрезвычайного характера. ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Разработка способа выявления ДНК штаммов возбудителя туляремии Francisella tularensis методом петлевой изотермической амплификации (LAMP, loop isothermal amplification). МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ Праймеры к выбранным мишеням были рассчитаны с помощью онлайн-программы Primer Explorer 5 и проверены на специфичность с использованием программы BLAST. Праймеры синтезированы фирмой «Синтол», Москва. Выделение ДНК из вакцинного и вирулентных штаммов эпидемически значимых подвидов туляремийного микроба, а также возбудителей других инфекционных заболеваний проводили с использованием коммерческого набора «ДНК-сорб-В» (ООО «ИнтерЛабСервис», Россия). Реакцию амплификации проводили при температуре 63 °C в течение 60 мин (без петлевых праймеров) или 30 мин (с петлевыми праймерами) с предварительным прогревом при температуре 92 °C в течение 2 мин на амплификаторе «Терцик» («ДНК-Технология», Россия) в присутствии термостабильной SD-полимеразы. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ В качестве ДНК-мишеней для обнаружения возбудителя туляремии были выбраны последовательности генов, кодирующих кислую фосфатазу A (acpA), белок внешней мембраны (fopA) и участок гена iglC острова патогенности. Из двух комплектов внешних, внутренних и петлевых оригинальных праймеров, синтезированных для каждого выбранного маркерного гена, наборы acpFt101, fopFt132 и iglCFt1 воспроизводимо и специфично выявляли ДНК 100-1000 микробных клеток F. tularensis. Возможность сократить время анализа в два раза появилась за счет введения петлевых праймеров и визуальной детекции продуктов амплификации, окрашенных интеркалирующим красителем SYTO 82, без проведения последующего электрофореза и визуализации геля после окрашивания бромистым этидием. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Предлагается удобный в применении и не требующий сложного оборудования тест для клинической и полевой диагностики возбудителя туляремии.

ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Мобильные генетические элементы (МГЭ) оказывают значительное влияние на структуру и функционирование генома и являются источником новых генов. В результате «молекулярного одомашнивания» гены МГЭ становятся функциональной частью генома хозяина. Суперсемейство ДНК-транспозонов IS630/Tc1/mariner (ITm) является одним из самых широко распространенных и разнообразных. К настоящему времени известно несколько генов, которые появились вследствие кооптации ITm-транспозонов. Данная работа была направлена на поиск генов гребневика Mnemiopsis leidyi, в последовательность которых были включены фрагменты ITm-транспозонов, с последующим анализом их уровня экспрессии. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ В представленной работе для поиска гипотетических химерных генов был использован метод локального выравнивания (BLASTn). Анализ дифференциальной активности генов оценивали с помощью совместного использования программ Kallisto и Sleuth. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Не было обнаружено ни одной кДНК, которая бы соответствовала полной кодирующей последовательности транспозазы какого-либо ITm-транспозона M. leidyi. Однако был обнаружен 21 уникальный транскрипт гипотетических химерных генов, имеющих участки гомологичные ITm-транспозонам. Транскрипционный анализ показал, что в процессе раннего эмбрионального развития, а также в тканях гребней и эпителия взрослых животных преобладающая доля гипотетических химерных генов не экспрессируется либо экспрессируется на низком уровне. Однако в нескольких локусах фиксируется дифференциальный уровень активности в процессе регенерации. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Дифференциальная активность отдельных гипотетических химерных генов в процессе регенерации может свидетельствовать об их возможном «одомашнивании» и вовлеченности в молекулярно-генетические процессы гребневиков.

ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Молекулярное типирование современной российской популяции N. gonorrhoeae, направленное на обнаружение эпидемиологически опасных NG-MAST- и MLST-сиквенс-типов, несущих «мозаичную» аллель гена penA с определяемой этим сниженной чувствительностью к препаратам выбора для терапии гонококковой инфекции — цефалоспоринам III поколения. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ В исследование включены 326 клинических изолятов N. gonorrhoeae, выделенных на территории Российской Федерации в 2018—2020 гг. NG-MAST-типирование проводили на основе секвенирования вариабельных участков генов porB и tbpB. MLST-типирование осуществляли на основе анализа нуклеотидных последовательностей семи генов «домашнего хозяйства»: abcZ, adk, aroE, fumC, gdh, pdhC и pgm. Структуру гена penA анализировали секвенированием по Сенгеру. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Молекулярное типирование по протоколам NG-MAST и MLST относило изученные клинические изоляты N. gonorrhoeae к 110 и 41 различным сиквенс-типам соответственно. Секвенирование гена penA выявило «мозаичную» аллель XXXIV типа, кодирующую пенициллин-связывающий белок 2 со сниженной аффинностью к цефалоспоринам, у 7 (2,1%) исследованных клинических изолятов. Сопоставление результатов молекулярного типирования свидетельствовало об обнаружении данного аллеля у сиквенс-типов ST_NG-MAST2212/ST_MLST1901 (n=1); ST_NG-MAST3149/ST_MLST1901 (n=1); ST_NG-MAST5622/ /ST_MLST14011 (n=1) и ST_NG-MAST10025/ST_MLST1902 (n=4). Филогенетический анализ ассоциировал все названные сиквенс-типы с геногруппой ST_NG-MAST1407/ST_MLST1901, представляющей существенную опасность для глобальной системы здравоохранения. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Результаты проведенного исследования демонстрируют дивергенцию сиквенс-типов, несущих «мозаичную» аллель гена penA, объясняя возникновение подобного разнообразия серией одиночных мутационных событий в генах porB, adk и fumC, учитываемых протоколами NG-MAST- и MLST-типирования.

ВВЕДЕНИЕ Прямое определение генотипа вируса гепатита B (ВГВ) в образцах крови пациентов с гепатитом дельта может быть невозможно из-за недетектируемой концентрации ДНК ВГВ. Однако наличие достаточного количества поверхностного белка ВГВ (HBsAg) в них позволяет генотипировать ВГВ с помощью иммуноферментного анализа (ИФА) этого антигена, используя панель моноклональных антител (МАТ). ЦЕЛЬ РАБОТЫ Сопоставление результатов генотипирования ВГВ с помощью панели МАТ собственной разработки с результатами молекулярно-биологических исследований образцов пациентов с хроническим гепатитом B (ХГВ) и определение генотипов ВГВ в образцах сыворотки крови пациентов с гепатитом дельта. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ Собраны 122 сыворотки крови пациентов с диагнозом ХГВ из Якутии и 211 сывороток крови от пациентов с гепатитом дельта из Якутии (12 образцов) и Тывы (199 образцов). Серотипы/генотипы ВГВ определяли методом ИФА с помощью разработанных реагентов. Молекулярно-биологические методы включали выделение ДНК ВГВ, амплификацию участка S-гена (713 нт), филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей. РЕЗУЛЬТАТЫ С помощью набора МАТ в образцах пациентов ХГВ с детектируемой ДНК ВГВ (86 образцов) получено 95% (82/86) валидных результатов. Выявлены следующие генотипы: A — 32 (39%), C — 3 (4%), D — 47(57%). Для 81/82 (99%) образцов результаты определения генотипа ВГВ двумя методами совпали. В образцах пациентов с гепатитом дельта получено 96,2% валидных результатов при определении генотипа ВГВ с помощью МАТ (203/211) по сравнению с 3,8% стандартным молекулярно-биологическим методом (p<0,001). Установлены следующие генотипы ВГВ: A — 17 (8,4%) образцов и D — 186 (91,6%). ВЫВОДЫ Разработанный тест с панелью МАТ позволяет достоверно определять генотип ВГВ и имеет преимущества по сравнению со стандартными молекулярно-биологическими методами при генотипировании ВГВ у пациентов с гепатитом дельта.