Differential activity of genes with fragments of IS630/TC1/MARINER transposons in the genome of MNEMIOPSIS LEIDYI

Abstract
ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Мобильные генетические элементы (МГЭ) оказывают значительное влияние на структуру и функционирование генома и являются источником новых генов. В результате «молекулярного одомашнивания» гены МГЭ становятся функциональной частью генома хозяина. Суперсемейство ДНК-транспозонов IS630/Tc1/mariner (ITm) является одним из самых широко распространенных и разнообразных. К настоящему времени известно несколько генов, которые появились вследствие кооптации ITm-транспозонов. Данная работа была направлена на поиск генов гребневика Mnemiopsis leidyi, в последовательность которых были включены фрагменты ITm-транспозонов, с последующим анализом их уровня экспрессии. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ В представленной работе для поиска гипотетических химерных генов был использован метод локального выравнивания (BLASTn). Анализ дифференциальной активности генов оценивали с помощью совместного использования программ Kallisto и Sleuth. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Не было обнаружено ни одной кДНК, которая бы соответствовала полной кодирующей последовательности транспозазы какого-либо ITm-транспозона M. leidyi. Однако был обнаружен 21 уникальный транскрипт гипотетических химерных генов, имеющих участки гомологичные ITm-транспозонам. Транскрипционный анализ показал, что в процессе раннего эмбрионального развития, а также в тканях гребней и эпителия взрослых животных преобладающая доля гипотетических химерных генов не экспрессируется либо экспрессируется на низком уровне. Однако в нескольких локусах фиксируется дифференциальный уровень активности в процессе регенерации. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Дифференциальная активность отдельных гипотетических химерных генов в процессе регенерации может свидетельствовать об их возможном «одомашнивании» и вовлеченности в молекулярно-генетические процессы гребневиков.