Największe i najstarsze karmelitańskie sanktuarium św. Józefa zostało ufundowane w nieistniejącym kościele św. Michała Archanioła i św. Józefa, powstałym na Podzamczu w Krakowie. Klasztor został zbudowany w latach 1611- 1637. w obrębie murów obronnych miasta, za aprobatą biskupa Piotra Tylickiego i przy wsparciu dobroczyńców. W dniu 26 października 1636 roku biskup krakowski Jakub Zadzik, konsekrował kościół i ołtarz główny pod wezwaniem św. Michała Archanioła i św. Józefa oblubieńca Najświętszej j Matki Bożej.