IDENTIFIKASI PROTEASE UTAMA (Mpro) SEBAGAI MAKROMOLEKUL TARGET DALAM PENGEMBANGAN KANDIDAT INHIBITOR NOVEL CORONAVIRUS 2019 (SARS-CoV-2) SECARA IN SILICO

Abstract

Protease utama (Mpro) merupakan bagian utama pembentuk karakteristik coronavirus (SARS-CoV dan SARS-CoV-2). Kemajuan teknologi telah membuka peluang untuk menemukan kandidat senyawa inhibitor baru yang mampu mencegah dan mengendalikan infeksi COVID-19 melalui penghambatan Mpro SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, mengevaluasi, dan mengeksplorasi struktur makromolekul Mpro dari kedua coronavirus tersebut secara in silico. Makromolekul Mpro terlebih dahulu dilakukan preparasi dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Konformasi tiga dimensi dan sekuensing dari struktur makromolekul yang telah dipreparasi kemudian diamati dan dibandingkan dengan menggunakan perangkat lunak Chimera 1.14 dan Notepad ++. Bagian sisi aktif dari makromolekul Mpro kemudian diidentifikasi dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Prediksi molekul inhibitor makromolekul Mpro dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Berdasarkan hasil identifikasi terhadap makromolekul Mpro diperoleh hasil bahwa terdapat kemiripan struktur dan situs aktif pengikatan dari kedua makromolekul tersebut. Diprediksi bentuk molekul inhibitor dari kedua makromolekul Mpro juga identik. Dengan demikian, beberapa referensi tersebut dapat digunakan sebagai acuan dalam pengembangan kandidat inhibitor kompetitif Mpro SARS-CoV-2 untuk pengobatan penyakit infeksi COVID-19.