Penelitian ini dimaksudkan untuk memodelkan pilihan Rute Distribusi Barang (RDB) antar-pulau pada koridor Ambon-Masohi di Provinsi Maluku. Objek yang diteliti yaitu pengendara angkutan barang (truk) yang melalui RDB I (lintasan Hunimua-Waipirit) dan RDB II (lintasan Hunimua-Amahai). Metode yang digunakan adalah Regresi Linear Berganda untuk pemodelan Utilitas dan Regresi Logistik Binomial untuk pemodelan Probabilitas. Variabel yang dimodelkan, adalah: (1) Pilihan RDB (Y); (2) biaya penyeberangan (X1), waktu penyeberangan (X2) dan frekwensi penyeberangan (X3). Data primer diperoleh dari survei Stated Preference (SP) kepada 75 responden. Hasil pemodelan menemukan bahwa RDB I masih menjadi favorit pilihan distributor dibandingkan RDB II karena keunggulan pada atribut frekwensi penyeberangan. Untuk itu disarankan kepada pihak otoritas transportasi penyeberangan agar dapat meningkatkan infrastruktur penyeberangan pada lintasan Hunimua-Waipirit guna mendukung kelancaran distribusi barang pada lintasan tersebut, serta meningkatkan frekwensi penyeberangan pada RDB II menjadi 2 Round Trip.