Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan pemahaman konsep siswa setelah mengikuti pembelajaran matematika pada topik aljabar menggunakan media pembelajaran virtual manipulative. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif deskiptif. Penelitian ini dilaksanakan di SMP Santo Aloysius Turi Sleman Yogyakarta. Subjek pada penelitian ini terdiri atas siswa kelas VIIA dengan jumlah 24 siswa dan diambil 3 siswa untuk diwawancarai. Subjek dikelompokkan dalam kategori jawaban yang rendah, sedang, dan tinggi. Teknik pengumpulan data pada penelitian ini menggunakan tes tertulis dan wawancara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa siswa dengan kemampuan rendah memenuhi indikator pemahaman konsep yaitu menyajikan konsep dalam berbagai bentuk representasi matematis, dan menggunakan, memanfaatkan, dan memilih prosedur atau operasi tertentu dalam menyelesaikan masalah, siswa dengan kemampuan sedang dapat memenuhi indikator pemahaman konsep yaitu menyajikan konsep dalam berbagai bentuk representasi matematis, dan menggunakan, memanfaatkan, dan memilih prosedur atau operasi tertentu dalam menyelesaikan masalah. Siswa dengan kemampuan tinggi memenuhi indikator pemahaman konsep yaitu menyatakan ulang setiap konsep, mengklasifikasikan konsep menurut sifat-sifat tertentu (sesuai dengan konsepnya), menyajikan konsep dalam berbagai bentuk representasi matematis, dan menggunakan, memanfaatkan, dan memilih prosedur atau operasi tertentu dalam menyelesaikan masalah