Abstract: Konsep otonomi khusus pada dasarnya memiliki dua tujuan, yakni untuk meredam konflik separatisme dan untuk meningkatkan kesejahteraan dari kesenjangan dengan daerah lain. Konflik berkepanjangan di Papua membawa sejumlah keterpurukan multidimensi yang cenderung terabaikan. Kerugian yang paling dirasakan dialami oleh masyarakat di Papua. Artikel ini bertujuan untuk menganalisa problematika kebijakan otonomi khusus di Provinsi Papua dan Papua Barat. Pendekatan yang digunakan menggunakan pendekatan kualitatif. Sumber data yang digunakan berasal dari penelitian bersumber dari berbagai literatur seperti buku dan jurnal. Gambaran yang ditemukan dalam artikel ini memperlihatkan bahwa pelaksanaan otonomi khusus masih belum secara efektif dan efisien dilaksanakan. Indikator keberhasilan pelayanan publik dan penyelesaian konflik masih jauh dari kata ideal. Sehingga memberikan kesimpulan bahwa kebijakan pemberian otonomi khusus tidak serta merta dapat dilaksanakan secara pragmatis, pemerintah perlu melakukan pendekatan-pendekatan yang humanis mengedepankan rasa kemanusiaan.