Genetic diversity analysis is the first step to determine the level of genetic diversity of kemiri sunan accessions. High genetic diversity in generative propagated germplasm collection is a basic foundation to develop new high-yielding varieties. The research aimed to detect the genetic diversity of kemiri sunan population in NTT based on RAPD markers. The study was conducted at the Integrated Laboratory, Balittri, Sukabumi from May to July 2019. A total of 32 kemiri sunan accessions were obtained from a private plantation owned by PT BHLI in Bajawa, Flores, NTT analyzed its genetic diversity using 40 RAPD markers. Markers that produced polymorphic bands were scored in binary data format and were then used for genetic diversity analysis using the NTSYS program. Results showed that 11 RAPD markers were polymorphic and generated a total of 41 bands consisting of 32 polymorphic bands (78.05%) and 9 monomorphic bands (21.95%). The genetic diversity analysis with a genetic similarity value of 0.737 showed that the 32 kemiri sunan accessions were divided into 2 clusters. Among those, two accessions (T2 and T4) can be selected as candidates for new high-yielding varieties, because they are located in different groups and showed high per plant fruit number. The result of the study also obtained the genetic distance value between kemiri sunan accessions varies from 0.00 to 0.46. The combination of two kemiri sunan accessions with a high genetic distance value should be useful as parents to obtain F1 progeny with a high heterosis effect. Keywords: Accesion, genetic diversity, parental selection, RAPD marker, Reutealis trisperma (Blanco) Airy Shaw Abstrak ANALISIS KERAGAMAN GENETIK POPULASI KEMIRI SUNAN DI NUSA TENGGARA TIMUR BERDASARKAN MARKA RAPD Analisis keragaman genetik merupakan langkah awal untuk mengetahui tingkat keragaman genetik dan hubungan kekerabatan dari setiap aksesi kemiri sunan. Keragaman genetik yang tinggi pada koleksi plasma nutfah yang diperbanyak secara generatif merupakan modal dasar dalam upaya untuk merakit varietas unggul baru. Penelitian bertujuan untuk mendeteksi keragaman genetik populasi kemiri sunan (Reutealis trisperma (Blanco) Airy Shaw) di Nusa Tenggara Timur (NTT) berdasarkan marka RAPD. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Terpadu, Balittri, Sukabumi mulai bulan Mei sampai Juli 2019. Sebanyak 32 aksesi kemiri sunan yang diperoleh dari perkebunan swasta milik PT BHLI di Bajawa, Flores, NTT, dianalisis keragaman genetiknya menggunakan 40 marka RAPD. Marka yang menghasilkan pita polimorphic diskoring dalam format data biner dan digunakan untuk analisis keragaman genetik menggunakan program NTSYS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 11 marka RAPD bersifat polimorfik dengan jumlah pita sebanyak 41 yang terdiri dari 32 pita polimorfik (78,05%) dan 9 pita monomorfik (21,95%). Sementara, hasil analisis keragaman genetik membagi 32 aksesi kemiri sunan menjadi 2 kelompok pada nilai kesamaan genetik 0,737. Berdasarkan hasil analisis diperoleh dua aksesi kemiri sunan (T2 dan T4) yang dapat dipilih sebagai kandidat varietas unggul baru, karena terdapat pada kelompok yang berbeda dan mempunyai jumlah buah yang banyak. Dari hasil penelitian juga diperoleh nilai jarak genetik antar aksesi kemiri sunan yang bervariasi, yaitu 0,00-0,46. Kombinasi dari dua aksesi kemiri sunan dengan nilai jarak genetik yang tinggi dapat digunakan sebagai tetua persilangan untuk mendapatkan keturunan F1 yang lebih unggul. Kata kunci : Aksesi, keragaman genetik, marka RAPD, Reutealis trisperma (Blanco) Airy Shaw, seleksi tetua