A partir de cáscaras de cacao de la variedad nacional EET103, aplicando dos métodos de extracción: hidrólisis ácida e hidrólisis enzimática se obtuvo pectina, cuyos rendimientos se compararon mediante t-Student para identificar el método más eficiente; adicionalmente se caracterizó por espectrofotometría infrarroja los grupos funcionales con los picos representativos y con estos valores determinar el grado de esterificación de las pectinas extraídas. La comparación de medias arrojó diferencias significativas (p≤0,05) entre los métodos, determinando que la extracción ácida reportó rendimientos más altos. El análisis espectrofotómetro determinó áreas (cm-1) en las pectinas de extracción ácida y enzimática de 1720,47 y 1727,98 respectivamente en los grupos ésteres, 1632,10 y 1600,99 en los grupos ácidos, comparados con 1741,07 y 1637,95 de la pectina comercial, el GE de la pectina fue de 51,31% en ácida y 51,90% en enzimática. Para concluir, el método de extracción de hidrólisis ácido obtuvo mayor rendimiento que el método de hidrólisis enzimático, los picos de caracterización de los grupos funcionales comparten similitudes con los picos de la pectina comercial; y el GE en ambos métodos están por encima del 50%, colocándola como una pectina de alto metoxilo.