La concreción de la autoridad otorgada a la Corona española mediante el Patronato Real colisionó a menudo con la idea que las autoridades eclesiásticas tenían de su autonomía respecto al poder político. Este artículo analiza la importancia que tuvo este problema con un virrey que intentó reforzar la autoridad y prerrogativas reales que representaba y los enfrentamientos que se produjeron con las autoridades eclesiásticas que influyeron, en último término, en la caída del virrey y en la dureza de la sentencia que le fue impuesta. The authority granted to the Spanish crown through the Royal Patronage conflicted with the idea of the ecclesiastical authority having its own autonomy from the political power. This article analyzes the importance of this problem with a viceroy who attempted to strengthen the royal authority and prerogatives that he represented. The struggles with the ecclesiastic authority ultimately influenced in the fall of the viceroy and the hard sentence that he received.