Bacillus Boroniphilus Genom Dizisinin Tamamlanması Çalışmaları ve Gap Bölgelerindeki Transpozaz Kodlayan Gen Dizilerinin Belirlenmesi

Abstract

Yeni nesil sekanslama (next-generation sequencing, NGS) teknolojisinin geliştirilmesi ile canlılardaki genomik bilginin açığa çıkartılması önemli derecede hız kazanmıştır. Bu gelişme ile genomları belirlenen organizmaların sayısındaki artış dikkat çekmektedir. Bu sekanslama yönteminde temel yaklaşım, tüm genomun kısa dizilere bölünmesi ve fragmentler halinde okunması ve ardından bunlar için geliştirilen yazılım programları ile bu fragmanların birleştirilmesidir (Contig Assembly). Ancak, bu kısa dizileri okuma yaparak sekanslama (short-read sequencing) platformlarının bazı kısıtlamalarının olduğu görülmüştür. Bu yeni sekanslanan genom dizilerinin çoğunun tamamlanmamış, genetik içeriği temsil eden taslaklar halinde kaldığı bilinmektedir. Bu çalışmada, yüksek bor konsantrasyonu içeren ortamlarda yaşayabilen Bacillus boroniphilus bakterisinin genom belirlenmesi çalışmaları sırasında, belirlenemeyen sekans dizilerinin hangi DNA dizileri olduğunun açıklığa kavuşturulması amaçlanmıştır. Genom birleştirme işlemleri sırasında görülen gap (boşluk) bölgelerinin sekans dizilerinin belirlenebilmesi için yüzlerce primer dizayn edilerek PZR işlemleri sonucu elde edilen ürünlerin sekans analizlerinin sonuçlarının değerlendirilmesi ile neredeyse hepsinin transpozaz olduğu görülmüştür. Gap bölgeleri hakkında elde edilen bu bilgiler yeni nesil genom sekanslama çalışmalarındaki verimliliğin arttırılması için oldukça önemlidir.