A educação inclusiva acolhe a diversidade no ambiente escolar e as ações do Professor do Atendimento Educacional Especializado (AEE) são importantes para a efetivação da inclusão dos estudantes público-alvo da Educação Especial, que são os que apresentam deficiências, transtornos globais do desenvolvimento ou Altas habilidades/superdotação. Em 2020, as escolas precisaram suspender as aulas presenciais devido à pandemia do COVID-19. Assim, propôs-se esta pesquisa com o objetivo de analisar a atuação dos professores do AEE junto aos estudantes com deficiência da Educação Básica durante o período de isolamento social imposto pela pandemia do COVID-19. Este estudo consiste numa pesquisa descritiva, quantitativa e qualitativa desenvolvida por meio da aplicação de questionário virtual junto aos Professores do AEE. Participaram 100 professores do AEE que atuavam na Educação Básica. Nos resultados e discussão deste estudo apresenta-se, primeiramente, o perfil dos professores de AEE participantes e na sequência sua atuação durante o período da pandemia junto aos estudantes e suas famílias, bem como sua atuação em relação às demandas escolares inerentes a função. Os professores demonstraram preocupação que os estudantes mantivessem uma rotina de estudos para sua aprendizagem, bem como, demonstram sensibilidade às dificuldades que muitas famílias enfrentam em relação à internet e equipamentos para as aulas on-line. Buscavam, então, alternativas viáveis em cada realidade para que isso não fosse mais um aspecto de exclusão, diante de tantos obstáculos já enfrentados pelas famílias neste período. Recomenda-se a ampliação de pesquisas com a participação do Professor do AEE em diferentes regiões do país.