Penelitian ini adalah penelitian Pre–Experimental Design dengan bentuk One Group Pretest–Posttest Design untuk mengetahui ada tidaknya pengaruh dari perlakuan yang diberikan terhadap subjek yang diteliti. Masalah yang dibahas dalam penelitian ini yaitu 1) bagaimana pemahaman konsep biologi mahasiswa sebelum dan setelah penerapan Model Pembelajaran Flipped Classroom dengan media video interaktif, dan 2) apakah terdapat peningkatan sebelum dan setelah penerapan Model Pembelajaran Flipped Classroom dengan media video interaktif. Populasi dan sampel dalam penelitian ini adalah seluruh mahasiswa semester VI program studi pendidikan Biologi. Instrumen penelitian yang digunakan adalah tes pemahaman konsep dan pedoman observasi. Data yang diperoleh dalam penelitian ini dianalisis dengan teknik analisis statistik deskriptif dan statistik inferensial dengan menggunakan rumus uji t. Berdasarkan hasil analisis data tes pemahaman konsep diperoleh rata-rata persentase pemahaman konsep mahasiswa mengalami peningkatan dari 46,63% kategori sedang menjadi 86,71% kategori tinggi, serta perubahan nilai median dari 46,40 menjadi 85,70. Data keterlaksanaan pembelajaran dapat dikatakan terlaksana dengan sangat baik yaitu pada pertemuan pertama sebesar 82,86% kategori baik dan meningkat menjadi 97,14% di pertemuan kedua pada kategori sangat baik. Hasil analisis statistik inferensial dengan menggunakan rumus uji t, diperoleh data nilai thitung = 27,330 dengan nilai-p = 0,000 < ½ α = 0,025 maka H0 ditolak, artinya ada peningkatan pemahaman konsep yang signifikan terhadap mahasiswa setelah perlakuan sebesar 0,76 atau 76% yang berada pada kategori tinggi. Dapat disimpulkan bahwa penerapan Model Pembelajaran Flipped Classroom dengan media pembelajaran Vidio Interaktif meningkatkan pemahaman konsep biologi mahasiswa.