The Quran is the Holy book that is a revelation from God to guide humanity. The Quran has many chapters and verses concerning sciences. This study aimed to explore the content of the Quran using exegesis and all of its components as the main tools to comprehend the Quran. This was a qualitative historic-factual study based on the notion of Tommy Dazwir Paja Putra regarding the scientific miracle of chapters and verses numbers of the Quran. The results show that the numbers of the chapters and verses regarding humans (the prophets and their followers, devout persons, and the ungodly) or things in nature indicate of object location or the object properties. In conclusion, the Quran has scientific signs related to the various branch of sciences such as geography, astronomy, biology, chemistry, archeology, history, paleontology, and other sciences. AbstrakAl-Qur’an adalah kitab suci yang diturunkan Allah swt sebagai pedoman hidup umat manusia. Salah satu kandungan al-Qur’an adalah berkaitan tentang ilmu pengetahuan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menggali kandungan-kandungan al-Qur’an yang menjadi pedoman kehidupan. Oleh karenanya, ilmu tafsir dengan segala perangkatnya merupakan ilmu utama untuk dapat memahami kandungan al-Qur’an. Jenis penelitian ini adalah kualitatif yang bersifat historis-faktual, terhadap pemikiran tokoh Tommy Dazwir Paja Putra tentang kemukjizatan ilmiah nomor urut surat dan ayat al-Qur’an. Dari hasil penelitian disimpulkan bahwa al-Qur’an manakala berbicara tentang objek-objek di alam seperti objek manusia (para Nabi dan kaumnya, orang-orang shaleh dan orang-orang durhaka), maupun benda-benda di alam, maka ternyata nomor ayat dan nomor surat tersebut sebahagian memberi petunjuk tentang lokasi objek dan sebahagian lagi memberi petunjuk tentang sifat-sifat objek. Sehingga dapat disimpulkan bahwa al-Qur’an mengandung isyarat ilmiah yang terkait dengan banyak cabang ilmu seperti geografi, astronomi, biologi, kimia, arkeologi, sejarah palentologi dan sebagainya. Kata Kunci: Al-Qur’an, Nomor Ayat, Nomor Surat, Kemukjizatan ilmiah.