Este artigo tem como objetivo discutir os primeiros movimentos para inserção do ensino das Ciências Naturais no estado do Maranhão, no período Imperial brasileiro, de 1835-1870. O trabalho se caracteriza como uma pesquisa histórico-documental, realizada a partir da análise de documentos oficiais, como: leis provinciais, regulamentos, relatórios, currículos e programas de ensino. Duas instituições escolares constituíram-se campo de investigação, sendo elas: o Liceu Maranhense e a Casa de Educandos Artífices do Maranhão. Evidenciou-se que as Ciências Naturais foram, inicialmente, inseridas no Liceu Maranhense em 1855, sendo uma adequação ao que estabelecia nacionalmente a Reforma Couto Ferraz. Em 1866, criou-se a cadeira de Ciências Naturais Aplicadas às Artes, na Casa de Educandos Artífices. As Ciências Naturais não tiveram boa aceitação nesses dois estabelecimentos de ensino, sendo as principais causas, a inexistência de finalidades educativas, as dificuldades de assimilação dos conteúdos da área por parte dos alunos e a baixa relevância das ciências no país.