Este artigo descreve a evolução da ciência Limnologia no Brasil, desde a sua gênese até os dias atuais. Destaca a década de 1970 como aquela em que ocorreu o ponto de inflexão do seu desenvolvimento, com a criação do “Projeto Broa” e do primeiro curso de pós-graduação no Brasil visando prioritariamente a formação de limnólogos. A partir da segunda década do Século XXI a Limnologia Brasileira passa a ser uma ciência com elevada produção científica e destaque no cenário científico nacional e internacional. Contudo, seu elevado estágio de desenvolvimento é contraditório com o cenário alarmante de degradação dos ecossistemas das bacias hidrográficas do país. Este fato foi denominado de “Paradoxo da Limnologia Brasileira”. O artigo também apresenta alternativas para reduzir consequências do “Paradoxo da Limnologia Brasileira” e discute algumas possibilidades para construção de pontes entre a Limnologia e a sociedade brasileira.