Artikel ini fokus pada menelaah penyelenggaraan dayah dalam kebijakan pemerintah di Aceh Tahun 1966-1998. Beranjak dari sebuah kondisi politik dan keberpihakan pemerintah terhadap dayah yang terkesan dilematis. Artikel ini tertarik untuk menemukan kebijakan pemerintah terhadap dayah. Oleh karena kajian ini mengangkat data-data masa lalu, maka penelitian ini menggunakan pendekatan historis dengan penggunaan data dokumen dan wawancara pelaku sejarah. Dari kajian yang dilakukan ditemukan bahwa kebijakan pemerintah terhadap penyelenggaraan pendidikan di dayah mencakup pada aspek kurikulum dalam bentuk perubahan dan integrasi kurikulum dan aspek kelembagaan dengan berkembangnya pesantren tradisional dan modern.