In 2018 only 35.8% of schools in Indonesia had implemented PHBS, and in 2019 only 22.5% of schools in Aceh had implemented Clean and Healthy Behaviors. This study aims to compare the implementation of PHBS in santri of modern pesantren with traditional Islamic boarding schools in Aceh. This study uses a quantitative method with a comparative study and a total sampling method with 368 students. The data collection tool used was the standard PHBS questionnaire—data analysis using Mann Whitney test and multiple linear regression. The results of this study indicate that there are differences in knowledge (p-value = 0.613), attitudes (p-value = 0.377), PHBS (p-value = 0.094), basic sanitation, have received counseling when to get counseling. There is a difference in action (p-value = 0.000) for santri of modern pesantren with traditional pesantren in Aceh. Knowledge, attitudes, and actions affect PHBS behavior, which means that there is no most dominant factor affecting the PHBS of santri in modern and traditional Islamic boarding schools. ABSTRAK Tahun 2018 hanya 35,8% sekolah di Indonesia yang sudah melaksanakan PHBS dan pada tahun 2019 hanya 22,5% sekolah di Aceh yang telah melaksanakan Perilaku Hidup Bersih dan Sehat. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan pelaksanaan PHBS pada santri pesantren modern dengan pesantren tradisional di Aceh. Penelitian ini menggunakan merode kuantitatif dengan desain study komparatif. Pengambilan sampel menggunakan metode total sampling dengan jumlah responden 368 orang santri. Alat pengumpul data yang digunakan adalah kuesioner baku PHBS. Analisa data menggunakan uji mann whitney dan regresi linier berganda. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ada perbedaan pengetahuan (p-value = 0.613), sikap (p-value = 0.377), PHBS (p-value = 0.094), sanitasi dasar, pernah mendapatkan penyuluhan, kapan mendapatkan penyuluhan serta ada perbedaan tindakan (p-value = 0.000) pada santri pesantren modern dengan pesantren tradisional di Aceh. Pengetahuan, sikap, dan tindakan berpengaruh sama terhadap perilaku PHBS, hal ini berarti bahwa tidak ada faktor yang paling dominan yang mempengaruhi PHBS santri di pesantren modern dan tradisional.