La reflexión crítica acerca del conocimiento científico que aporta el estudio de la epistemología, metodología y filosofía de la ciencia, es fundamental para la formación de los estudiantes universitarios de carreras científicas. Sin embargo, en la práctica docente hallamos una recurrente dificultad en los alumnos para relacionar los fundamentos epistemológicos con los contenidos de otras disciplinas. En relación a lo anterior, hemos buscado incorporar prácticas innovadoras en donde la literatura y la poesía sean fuentes de inspiración para el pensamiento y la discusión. Esto constituye un modo no tradicional de abordar la enseñanza en carreras científicas y profesionalistas, tanto en el grado como en el posgrado. Fundamentalmente apelamos a los cuentos de Jorge Luis Borges para articular el bagaje teórico desarrollado en nuestros cursos con los conocimientos previos que tienen los estudiantes sobre química, biología, geología y física, entre otras disciplinas. De este modo, relatos como ‘La busca de Averroes’, ‘La muerte y la brújula’, ‘El Otro’ y ‘Pierre Menard, autor del Quijote’, entre otros, se transforman en herramientas para estimular conexiones interdisciplinarias, reflexionar sobre los contenidos y ampliar la perspectiva del conocimiento científico. En este trabajo describiremos cuatro experiencias de trabajo con cuentos de Borges y presentaremos algunas reflexiones acerca de esta forma de vincular ciencia, filosofía y literatura, a partir de nuestras prácticas docentes.