Penyakit busuk pangkal batang (BPB) disebabkan oleh Ganoderma boninense merupakan penyakit penting pada perkebunan kelapa sawit yang mengakibatkan kerugian besar pada produksi tandan buah segar. Perbedaan ekspresi gen mempengaruhi respon ketahanan tanaman terhadap G. boninense. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat ekspresi gen putatif spesifik pada tanaman kelapa sawit hasil persilangan yang diduga rentan dan moderat tahan terhadap G. boninense. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biokimia dan Biologi Molekuler Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia Bogor pada bulan Oktober hingga Desember 2018. Penelitian ini menggunakan pendekatan real-time quantitative Polymerase Chain Reaction (real-time qPCR) sebagai metode yang umum digunakan untuk studi ekspresi gen. Dua genotipe tanaman kelapa sawit rentan dan satu genotipe tanaman kelapa sawit moderat tahan terhadap G. boninense dilakukan pengujian kuantitatif menggunakan lima primer yang mengkode gen putatif yang diduga berhubungan dengan penyakit busuk pangkal batang. Gen putatif tersebut, yaitu EgMIK1, EgWAKL5, EgSOT12, EgACO1, dan EgGSTU19. Gen housekeeping EgActin digunakan sebagai gen referensi pada kontrol internal real-time qPCR. Variabel yang diamati terdiri atas amplification plot, melting curve, ekspresi basal, dan nilai rasio ekspresi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lima gen putatif diregulasi secara berbeda antara genotipe tanaman kelapa sawit A09, 23 dan 27. Ekspresi gen putatif dibandingkan antara genotipe tanaman kelapa sawit yang rentan (A09 dan 23) dan moderat tahan (27). Tiga gen putatif up-regulated EgACO1, EgSOT12, dan EgWAKL5 pada akar dapat dipertimbangkan sebagai biomarker positif yang potensial untuk tanaman kelapa sawit yang rentan. Hasil menunjukkan perbedaan regulasi molekuler antara tanaman kelapa sawit yang rentan dan moderat tahan terhadap G. boninense. Kata kunci: Kelapa sawit, Ganoderma, ekspresi gen