Iniciações científicas são o primeiro contato dos estudantes de medicina com a pesquisa e são centrais no desenvolvimento do pensamento crítico e de habilidades pessoais, apesar de dificuldades como falta de tempo e de orientação apropriada. Os objetivos foram analisar as experiências que estudantes de medicina Universidade Federal de São Paulo (Unifesp) tiveram com seus projetos de iniciação científica e identificar aspectos positivos e negativos desse programa nesta universidade. Estudantes de medicina da Unifesp de todos os anos foram convidados a escrever anonimamente, utilizando a plataforma online RedCap, um relato sobre suas experiências com projetos de iniciação científica. Os textos foram lidos e divididos em categorias relativas a experiência geral e em subcategorias relativas aos benefícios, dificuldades e motivações presentes nos relatos. Foram analisadas 71 respostas, sendo que 60 relataram uma boa experiência em seus projetos e 11, uma experiência ruim. Os principais benefícios citados foram contato com o método científico e desenvolvimento pessoal. As principais dificuldades foram um relacionamento conflituoso com o orientador e a falta de tempo. As principais motivações foram o contato com uma área de interesse e o enriquecimento curricular. Desenvolver um projeto permite praticar o método científico, estimula o pensamento crítico e a melhoria de habilidades pessoais, como trabalho em equipe e gerenciamento de tempo. Um bom relacionamento com o orientador é importante, uma vez que os estudantes, devido à falta de experiência, não têm a capacidade de conduzir as pesquisas sozinhos. Conciliar os projetos com a graduação é uma dificuldade, gerando a discussão de como as faculdades de medicina poderiam incorporar a iniciação científica no currículo oficial. A motivação pelo enriquecimento curricular mostra preocupação com o processo de seleção para a residência médica, podendo criar um sentimento de obrigatoriedade de engajamento em pesquisa, gerando decepção com o meio acadêmico e resultados pouco significativos.