Comparison of fragments in human hemostatic proteins that mimics fragments in proteins of A/H1N1 viruses and coronaviruses

Abstract

ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Сравнение репертуара белков системы гемостаза человека и фрагментов, мимикрирующих эти белки, в белках вирусов гриппа A/H1N1 и коронавирусов. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ Для сравнительного компьютерного анализа использованы вирусы гриппа A/H1N1 (A/Brevig Mission/1/18), А/Санкт-Петербург/RII04/2016 (H1N1)pdm09 и коронавирусы SARS-CoV, SARS-CoV-2 (штамм Wuhan-Hu-1). Источником первичных структур белков анализируемых вирусов и 41 белка системы гемостаза человека служили общедоступные в интернете базы данных www.ncbi.nlm.nih.gov и www.nextprot.org соответственно. Поиск гомологичных последовательностей в структуре вирусных белков и белков гемостаза осуществляли путем сравнения в них фрагментов длиною в 12 аминокислот, принимая родственными те из них, которые проявляли идентичность по ≥ 8 позициям. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Сравнительный анализ репертуара клеточных белков системы гемостаза и фрагментов, мимикрирующих эти белки, в структуре белков вирусов А/H1N1 1918 г., A(H1N1)pdm09 2016 г., SARS-CoV и SARS-CoV-2, показал резкое отличие SARS-CoV-2 от анализируемых вирусов. В структуре белков вируса SARS-CoV-2 была выявлена мимикрия почти ко всем анализируемым белкам гемостаза. Что касается сравнения вирусов А/H1N1 1918 г., A(H1N1)pdm09 2016 г. и SARS-CoV, то наиболее близкими по репертуару белков гемостаза являются вирусы гриппа A/H1N1 1918 г. и SARS-CoV. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Сравнительный биоинформативный анализ репертуара белков гемостаза и белков вирусов гриппа (1918 г., 2009 и 2016 гг. выделения) и коронавирусов (SARS-CoV и SARS-CoV-2) показал резкое отличие вируса SARS-CoV-2 от анализируемых вирусов в основном за счет мимикрии дополнительных белков, участвующих в процессах тромбообразования. Полученные данные могут служить основой для дальнейших экспериментальных исследований по изучению роли гомологичных фрагментов в регуляции вирусами гемостаза организма хозяина.