Comparison of fragments in human hemostatic proteins that mimics fragments in proteins of A/H1N1 viruses and coronaviruses
- 1 January 2022
- journal article
- Published by Media Sphere Publishing Group in Molecular Genetics Microbiology and Virology (Russian version)
- Vol. 40 (4)
- https://doi.org/10.17116/molgen20224004143
Abstract
ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ Сравнение репертуара белков системы гемостаза человека и фрагментов, мимикрирующих эти белки, в белках вирусов гриппа A/H1N1 и коронавирусов. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ Для сравнительного компьютерного анализа использованы вирусы гриппа A/H1N1 (A/Brevig Mission/1/18), А/Санкт-Петербург/RII04/2016 (H1N1)pdm09 и коронавирусы SARS-CoV, SARS-CoV-2 (штамм Wuhan-Hu-1). Источником первичных структур белков анализируемых вирусов и 41 белка системы гемостаза человека служили общедоступные в интернете базы данных www.ncbi.nlm.nih.gov и www.nextprot.org соответственно. Поиск гомологичных последовательностей в структуре вирусных белков и белков гемостаза осуществляли путем сравнения в них фрагментов длиною в 12 аминокислот, принимая родственными те из них, которые проявляли идентичность по ≥ 8 позициям. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Сравнительный анализ репертуара клеточных белков системы гемостаза и фрагментов, мимикрирующих эти белки, в структуре белков вирусов А/H1N1 1918 г., A(H1N1)pdm09 2016 г., SARS-CoV и SARS-CoV-2, показал резкое отличие SARS-CoV-2 от анализируемых вирусов. В структуре белков вируса SARS-CoV-2 была выявлена мимикрия почти ко всем анализируемым белкам гемостаза. Что касается сравнения вирусов А/H1N1 1918 г., A(H1N1)pdm09 2016 г. и SARS-CoV, то наиболее близкими по репертуару белков гемостаза являются вирусы гриппа A/H1N1 1918 г. и SARS-CoV. ЗАКЛЮЧЕНИЕ Сравнительный биоинформативный анализ репертуара белков гемостаза и белков вирусов гриппа (1918 г., 2009 и 2016 гг. выделения) и коронавирусов (SARS-CoV и SARS-CoV-2) показал резкое отличие вируса SARS-CoV-2 от анализируемых вирусов в основном за счет мимикрии дополнительных белков, участвующих в процессах тромбообразования. Полученные данные могут служить основой для дальнейших экспериментальных исследований по изучению роли гомологичных фрагментов в регуляции вирусами гемостаза организма хозяина.This publication has 20 references indexed in Scilit:
- Incidence of narcolepsy after H1N1 influenza and vaccinations: Systematic review and meta-analysisSleep Medicine Reviews, 2017
- HOMOLOGY BETWEEN SEGMENTS OF HUMAN HEMOSTATIC PROTEINS AND PROTEINS OF VIRUSES WHICH CAUSE ACUTE RESPIRATORY INFECTIONS OR DISEASES WITH SIMILAR SYMPTOMSJournal Infectology, 2017
- Aberrant coagulation causes a hyper-inflammatory response in severe influenza pneumoniaCellular & Molecular Immunology, 2016
- Autoantibodies against ganglioside GM3 are associated with narcolepsy-cataplexy developing after Pandemrix vaccination against 2009 pandemic H1N1 type influenza virusJournal of Autoimmunity, 2015
- Influenza, influenza-like symptoms and their association with cardiovascular risks: a systematic review and meta-analysis of observational studiesInternational Journal of Clinical Practice, 2015
- Multiple roles of the coagulation protease cascade during virus infectionBlood, 2014
- Myocardial dysfunction during H1N1 influenza infectionJournal of Critical Care, 2013
- Serine proteases of the human immune system in health and diseaseMolecular Immunology, 2010
- Influenza as a trigger for acute myocardial infarction or death from cardiovascular disease: a systematic reviewThe Lancet Infectious Diseases, 2009
- Influenza virus RNA polymerase PA subunit is a novel serine protease with Ser624 at the active siteGenes to Cells, 2001