Fertilizer is essential for crop production improvement. Fertilizer cost share in farm business is about 10 percent only, but fertilizer distribution is under government’s control especially for small-holders. Fertilizer subsidy policy deals with various problems and it requires some changes. This study aims to analyze fertilizer subsidy, namely formulating policy options and alternatives for fertilizer direct-subsidy (SLP). This study employs secondary data and related information from the case studies of pilot projects in Lombok Island (NTB Province) and Karawang Regency (West Java Province). This study uses quantitative analysis and qualitative descriptive approaches. Three options of policy changes in fertilizer subsidy are (i) shifting SLP to output price subsidy, (ii) SLP, and (iii) gradual subsidy abolition. SLP policy should be implemented effectively with following alternatives: (i) SLP pilot projects to be implemented in Java and rice-producing centers outside Java and non-rice producing centers outside Java, (ii) targeted farmers to receive subsidy are poor and almost poor with certain land holding size, (iii) indicators of poor and almost poor farmers and criteria of the restricted provinces to be established accurately, and (iv) restriction to be implemented in Java and rice-producing centers outside Java, but no restriction in non-rice producing centers outside Java. AbstrakPupuk memiliki peran penting dalam meningkatkan produksi tanaman. Kontribusi pupuk terhadap biaya usaha tani sekitar 10%, namun pupuk ditetapkan sebagai komoditas strategis dan diawasi peredarannya. Instrumen pemerintah dalam kebijakan pupuk adalah pemberian subsidi harga pupuk. Kebijakan subsidi pupuk menghadapi berbagai kendala, sehingga timbul wacana untuk melakukan perubahan. Kajian ini bertujuan untuk melakukan analisis kebijakan subsidi pupuk, yaitu menyusun perubahan kebijakan serta alternatif pelaksanaan kebijakan subsidi langsung pupuk (SLP). Data sekunder dan informasi dari studi kasus digunakan dalam kajian ini. Cakupan data meliputi tingkat nasional dan studi kasus uji coba di Pulau Lombok (Nusa Tenggara Barat) dan Kabupaten Karawang (Jawa Barat). Metode analisis yang digunakan adalah analisis kuantitatif dan deskriptif kualitatif. Tiga opsi perubahan kebijakan subsidi pupuk meliputi (i) pengalihan subsidi pupuk ke subsidi harga output, (ii) subsidi langsung pupuk (SLP), dan (iii) penghapusan subsidi bertahap. Empat alternatif mekanisme uji coba Kebijakan SLP agar efektif adalah (i) uji coba SLP dilakukan di dua lokasi yang mewakili kondisi di Jawa dan sentra produksi padi dan kondisi luar Jawa yang bukan sentra padi; (ii) sasaran penerima subsidi adalah petani miskin dan hampir miskin dengan luas lahan tertentu, (iii) indikator kemiskinan maupun batasan miskin dan hampir miskin serta kriteria provinsi yang terkena pembatasan ditetapkan secara jelas, dan (iv) pembatasan sasaran penerima subsidi hanya dilakukan di Jawa dan sentra produksi padi di luar Jawa, sedangkan di luar Jawa bukan sentra produsen padi tidak dilakukan pembatasan.