O Papilomavírus humano (HPV) é reconhecido como principal agente causador do câncer do colo do útero. A identificação de HPV de alto risco pode auxiliar na prevenção de lesões do colo uterino. Objetivamos identificar, entre mulheres de comunidades ribeirinhas do Município de Abaetetuba, Estado do Pará, a frequência de infecção pelo HPV, comparando com nível de lesão uterina apresentada, a flora vaginal e o tipo de HPV encontrado. No período de setembro a dezembro de 2008, foram coletadas amostras da cérvice uterina de mulheres ribeirinhas de demanda espontânea para a realização do exame citopatológico. Nesta amostra, foram realizadas a pesquisa e tipagem molecular de HPV através da reação em cadeia da polimerase (PCR) seguida de digestão enzimática. Das 79 amostras analisadas, nove (11,39%) foram positivas para HPV, onde foram identificados os tipos 6,54a, 58, 72, 81, 102, além de infecções múltiplas. Todas as amostras positivas para HPV apresentaram esfregaço inflamatório e/ou com alterações celulares no exame citológico. O HPV foi identificado em 20% (5/25) dos esfregaços inflamatórios de mulheres com 30 anos de idade ou menos (p = 0,0435). A infecção por HPV foi identificada em 33,4% (5/15) das mulheres examinadas na comunidade de Tucumanduba, destacando-se da frequência de 6,2% (4/64), encontrada nas outras comunidades juntas (p = 0,0103). A presença de HPV de alto risco oncogênico destaca a importância de ações específicas, voltadas para a prevenção na transmissão desse vírus e no rastreamento das doenças relacionadas, nas comunidades ribeirinhas do Município estudado.