Jumlah penderita Infeksi Saluran Kemih (ISK) mencapai 90-100 kasus per 100.000 penduduk per tahun. Dalam penanganannya berbagai macam antibiotik digunakan sebagai terapi pengobatan termasuk siprofloksasin. Saat ini siprofloksasin merupakan antibiotik pilihan pertama dalam terapi ISK di Rumah Sakit X Kabupaten Jombang. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan biaya terapi penggunaan antibiotik seftriakson dan siprofloksasin pada pasien infeksi saluran kemih. Telah dilakukan penelitian cost effectiveness analysis menggunakan metode observasi analitik dengan rancangan secara cross-sectional, pengambilan data secara retrospektif dengan menelusur dokumen rekam medis pasien. Metode analisis menggunakan statistic uji-t tidak berpasangan. Penelitian dilakukan pada perspektif rumah sakit. Populasi dalam penelitian ini sebanyak 164 pasien. Terdapat 64 pasien yang memenuhi kriteria inklusi. Sebanyak 32 pasien mendapatkan siprofloksasin dan 32 pasien mendapatkan seftriakson. Total biaya langsung rata-rata pasien ISK yang mendapatkan seftriakson adalah Rp902.908,3 sedangkan pasien yang mendapatkan siprofloksasin adalah Rp959.918,91. Efektivitas diukur berdasarkan probabilitas lama rawat yang ditentukan. Pasien dengan seftriakson memiliki lama rawat 4,468 hari dengan probabilitas 0,875 dan siprofloksasin memiliki lama rawat 4,688 hari dengan probabilitas 0,781. Berdasarkan efektivitas, nilai ACER seftriakson sebesar Rp1.031.895,28 dan nilai ACER siprofloksasin sebesar Rp1.229.089,51. Namun secara uji statistik tidak ditemukan perbedaan yang bermakna pada efektivitas dan biaya antara seftriakson dan siprofloksasin. Pada perhitungan nilai ICER pada penelitian ini didapatkan nilai sebesar Rp259.138,82. Artinya ada biaya tambahan sebesar Rp259.138,82 per outcome terapi.