Las tecnologías emergentes han sido comúnmente analizadas desde la perspectiva teórica de los sistemas de innovación. Esto ha significado partir de la premisa de que el desarrollo, uso, difusión y explotación de la tecnología son comportamientos similares a los que exhibe cualquier otro sector económico tradicional. Pero esto omite el hecho de que las tecnologías emergentes tienen particularidades que van desde las características de los actores involucrados, los derechos de propiedad, las dinámicas sociales, tecnológicas, económicas e institucionales en las que se ven insertas, hasta la propia definición metodológica del objeto de estudio. Lo anterior sin obviar las dificultades de acceso y categorización de la información, dado que en todos los casos que aquí se tratan, las tecnologías emergentes son transversales a muy distintos sectores económicos y, por tanto, su uso y aplicación se diversifica en diferentes procesos, productos y servicios. Este artículo tiene por objetivo presentar una reflexión acerca de las posibles alternativas metodológicas no exhaustivas para el estudio de las tecnologías emergentes o convergentes, como la biotecnología, la nanotecnología, las tecnologías de la información y la genómica, entre otras, así como discutir la pertinencia de usar el marco de análisis de los sistemas de innovación, sin que esto signifique desechar su aplicación, sino más bien establecer esquemas complementarios que nos ayuden a tener una mejor comprensión de la dinámica y evolución de dichas tecnologías.