PROFILING AKUMULASI TRANSKRIP GEN PADA AKAR BIBIT KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis JACQ.) RENTAN DAN TOLERAN TERHADAP Ganoderma boninense

Abstract

Dalam penelitian ini, analisis akumulasi transkrip menggunakan Reverse-Transcriptase Quantitative PCR (RT-qPCR) diikuti dengan analisis interaksi statistik telah dilakukan pada akar dari dua genotipe tanaman kelapa sawit (A09 dan 23) yang rentan dan toleran terhadap Ganoderma boninense. Tiga gen putatif (Eg#001, Eg#004, dan Eg#007) dari kelapa sawit diprediksi dapat digunakan sebagai biomarker dalam seleksi varietas tanaman kelapa sawit terhadap Ganoderma. Optimasi analisis RT-qPCR dilakukan dengan melakukan serial dilusi cDNA (1/5, 1/10, 1/25 dan 1/50) untuk mendapatkan nilai amplification plot dan melting curve yang ideal. Hasil analisis memperlihatkan serial dilusi 1/10 atau setara konsentrasi cDNA 50 ng/µL mendapatkan nilai Ct pada ambang 22-24 serta nilai melting curve sebesar 83,06. Secara umum, akumulasi transkrip gen pada genotipe 23 lebih melimpah dibandingkan dengan genotipe A09. Gen Eg#007 secara statistik memiliki akumulasi transkrip yang berbeda nyata pada genotipe 23 yang lebih tinggi (5,21E+00) dibandingkan pada genotipe A09 (1,93E+00). Di sisi lain, hasil identifikasi lokus ID pada genom kelapa sawit memperlihatkan bahwa gen Eg#007 merupakan penyandi protein yang tergolong dalam famili sulfotransferase (SOT) yang terkait dengan sistem pertahanan tanaman. Gen tersebut berpotensi mengungkap mekanisme aksi-reaksi antara G. boninense dan akar kelapa sawit. Kata kunci: kelapa sawit, Ganoderma, profil akumulasi transkrip, RT-qPCR, biomarker.