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Interações não covalentes entre SI-PPCs e biomoléculas: um estudo por simulações de dinâmica molecular

Nathália Magalhães Paixão Rosa
Published: 22 April 2021
doi:10.34019/ufjf/te/2021/00010
Abstract: Vários estudos com complexos polinucleares de platina (II) inertes para substituição (SI-PPC) têm sido sintetizados nos últimos anos devido à forma de ligação ao DNA apresentada por esses compostos. Esse novo tipo de coordenação é obtido pelo reconhecimento molecular por meio da formação de estruturas não covalentes, comumente chamadas de grampos e garfos de fosfato, que geram pequenas alterações dos sulcos maior e menor do DNA. Esses compostos têm apresentado também, alta capacidade de inibir o processo de metástase através da interação com outras biomoléculas que contém grupos sulfatos, como os glicosaminoglicanos, estabilizando tais grupos e inibindo a atividade de enzimas que estão relacionadas com o processo de angiogênese e consequentemente, o processo de metástase. Neste trabalho, usamos simulações de dinâmica molecular (DM) para estudar a formação dessas estruturas cíclicas entre diferentes SI-PPCs e biomoléculas. Os resultados mostraram a influência do complexo através do número de grampos e garfos de fosfato formados. Com base na caracterização conformacional dos fragmentos de DNA, mostramos que os SI-PPCs estudados interagem preferencialmente no sulco menor, exceto por dois deles, monoplatinNC e AH44. Os fosfatos dos pares citosina-guanina (C-G) são os principais locais para essas interações não-covalentes. Por outro lado, este trabalho apresenta diversas análises das interações não-covalentes formadas entre uma molécula de heparina (código PDB: 1HPN) e SI-PPCs obtidas através de simulações de dinâmica molecular. Os resultados das análises de posições atômicas mostraram que os complexos diplatinNC e AH44, ambos complexos carregados com carga 6+, foram os mais rígidos. Por outro lado, uma análise de flutuação atômica mostrou que há uma redução na flutuação dos átomos na região central da molécula de heparina, assim como a análise da área de superfície acessível ao solvente (SASA) indica uma redução na área acessível da heparina pelo solvente ao interagir com SI-PPCs. A avaliação das ligações de hidrogênio confirma a formação de ligações não covalentes, o que pode sugerir uma diminuição da ação do 1HPN impedindo a ação das enzimas sobre este substrato. Pelo que sabemos, este trabalho é o primeiro relacionado a SI-PPCs que traz simulações de DM e uma análise completa das interações nãocovalentes com diferentes biomoléculas.
Keywords: formação / das interações / por / este trabalho / complexos / não covalentes

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