Sebagai salah satu pelaksana Kekuasaan Kehakiman, keberadaan Badan Peradilan Agama mengalami perubahan, baik dari sisi peraturan perundang-undangan maupun dari sisi implementasinya dalam menegakan hukum dan keadilan. Ia berdampak berdampak signifikan terhadap substansi, struktur, dan kultur hukum di lingkungan Peradilan Agama, terutama setelah diundangkannya UU No.50 Tahun 2009. Diantara faktor perubahannya adalah sistem politik yang berkembang pada saat itu dan berdampak pada sistem hukum Indonesia. Dalam konteks sistem hukum, undang-undang tersebut dituntut untuk serasi dengan peraturan perundang-undangan baik yang sejajar maupun yang lebih tinggi. Kata Kunci : Sistem, Peradilan Agama, Hukum Islam, Reformasi